《菩提树下》大结局是皇甫被判处死刑，莲生也改邪归正、厚朴和静心最后在一起。
皇甫即将被处决，他不甘心，供出了当初舞笙杀死周稳婆之事，警局带走了舞笙，家中一片恐慌。
皇甫表示，自己活不成，舞笙也别想活。当初舞笙杀了周稳婆时，皇甫处理了周稳婆的尸体，故意将舞笙身上所带的玉佩放在周稳婆手里，此时警局带人挖出周稳婆的尸体，却发现手里拿的根本不是什么玉佩，原来是皇甫的手下当初见财起意，偷换了玉佩，此时救了舞笙一命。
舞笙大难不死，镜心喜极而泣，被厚朴看在眼里。舞笙提出要为厚朴治疗，厚朴同意。舞笙却犹豫了，怕自己没有经验下手失准，厚朴却鼓励舞笙，大胆用针，舞笙终于为厚朴治疗。而龙二爷和大奶奶此时看到舞笙针灸，都同时想起了当年的方秀才，舞笙像极了方秀才，得了他的真传，竟然将厚朴的病治好。
厚朴病好了，夜晚，他选择了悄悄离开，却被舞笙堵住了，两个男人之间展开对话，他们都觉得自己应该把镜心让给对方，而此时听到一切的镜心却难以接受，她是一个人，不是一件商品，不能让来让去。
龙大奶奶来到方秀才一家的墓前和龙大爷的墓前，诚心祈祷，厚朴此时已经忘却了仇恨。而当这一切都已经结束后，舞笙看到镜心和厚朴，他选择了悄悄地离开，把镜心还给厚朴，让他们一家三口还原一个完整的家。
《菩提树下》的角色介绍：
1、关厚朴
忠厚、开朗，但命运坎坷。他慈悲善良，以医术救济世人，当瘟疫流行时，他不顾生命安危冲在第一线，然而他却得不到心爱的姑娘的感情，只能眼睁睁看着龙舞笙将她夺走。而疯狂爱着他的，是一位任性而自私的姑娘，并且居然是他的亲妹妹。经历了种种磨难后，他最终选择了原谅和宽容。
2、龙舞笙
龙舞笙善良单纯，但同时情感脆弱。他成长于权高势重的大户人家，从小便被责任感压得喘不过气来。在他的世界里，永远充满了礼教、权势、韬光养晦。他想要过自己喜欢的生活，可惜身不由己。在他冷漠的表面之下，却隐藏着一颗受伤害的，孤独的，多情的心。然而他从不愿意表露感情，更不愿意别人看穿他冷漠外表下热情的心。
3、周镜心
周镜心从小父母双亡，为了生计跟着自己的师傅学习手艺。狠心的舅母对寄人篱下的镜心不但不给予家人的关怀，处处为难镜心，甚至为了钱财将她卖入龙家冲喜，由此镜心与舞笙的命运也被绑在了一起。