同江市口岸和商务局的内部结构按照特定职能划分，设有以下十个关键部门：
作为机构的核心管理部门，办公室负责全局的日常运营与协调工作。
这个科负责处理与口岸相关的第一线事务，确保对外贸易的顺畅进行。
承担着口岸管理的另一重要职责，通过专业的服务，维护口岸的高效运行。
集综合管理与协调于一体，对口岸的整体运营进行监督和指导。
专门负责机电产品的进出口业务，推动对外贸易的发展。
专注于与俄罗斯的贸易合作，拓展两国间的经济交流。
关注市场动态，通过科学的调控，维护市场的稳定与健康发展。
作为执法机构，确保市场秩序的规范，打击不法行为。
致力于市场体系的构建与优化，推动经济结构的升级。
提供全方位的商贸服务管理，保障企业经营活动的顺利进行。
这些内设机构共同构成了同江市口岸和商务局的坚实工作基础，为促进当地经济的发展发挥了关键作用。