睾丸肿瘤由于早期可被察觉，且能进行完全切除，因此其预后相对较好。当癌症发展，可能会转移到后腹膜淋巴结和肺部，这时可以采用化学疗法进行治疗。
对于卵巢肿瘤和骶尾部、后腹膜的肿瘤，由于发现时常较晚，全面切除面临困难。这些肿瘤通常为高恶性度，如胎儿性癌或卵黄囊癌，因此强力的化学疗法和放射线疗法是必不可少的。常用的药物包括顺铂、长春新碱和博莱霉素等。
尽管预后可能不理想，但值得庆幸的是，近期自体骨髓移植治愈的病例有所增加，为治疗带来了新的希望。
当卵黄囊肿表现为未分化母细胞瘤时，结合放射线和抗癌药物的治疗效果显著，有些情况下甚至可以采用较为温和的方法实现康复。