平阴县教育体育局设有多个职能科室，办公室</负责机关日常事务，包括文电处理、会务安排、机要保密、接待、督查、档案管理、调研、安全保密、后勤服务和政府信息公开等，同时处理市政府热线转办事项，以及人大代表建议和政协委员提案的办理工作。它还负责直属学校稳定、安全保卫、社会治安综合管理和大型活动安全保障，以及突发事件的协调处理。
组织人事科</负责教育体育系统干部的考核、选拔、管理等工作，包括人事调动、培训、工资福利、考核奖惩等，还负责教职工队伍建设、师资培训、师范毕业生就业推荐以及教师资格认定。此外，它还指导思想政治教育、法制教育、双拥共建，以及教育行政复议、诉讼等工作，监督依法办学行为，制定德育规划和指导未成年人思想道德建设。
财务审计科</负责教育体育事业的财务监督与管理，包括经费、基建投资、预算外收入等的预算决算，校舍改造和基础设施建设，以及局机关物资供应。同时，它还负责学生救助、资助工作的指导。
教育科</主要负责普及九年义务教育，审核学校设立、合并、撤销，指导基础教育、学前教育、特殊教育等，管理学籍，组织学业水平考试和招生工作，关注学生德育和权益保护，确保学生健康成长。
体育科</推动全民健身，制定国家体育锻炼标准，组织国民体质监测和活动，指导青少年体育，组织综合性运动会，负责青少年体育训练和比赛，指导体育社团和公共体育设施，管理体育彩票销售。