1、绿藻是真核生物,蓝藻是原核生物。
2、繁殖方法不同：绿藻是无性生殖和有性生殖，蓝藻是营养繁殖或产生孢子以无性繁殖。
3、形态特征不同：绿藻植物的细胞与高等植物相似，也有细胞核和叶绿体，有相似的色素、贮藏养分及细胞壁的成分。蓝藻不具叶绿体、线粒体、高尔基体、中心体、内质网和水面液泡等细胞器，唯一的细胞器是核糖体。
繁衍方式：
蓝藻：
蓝藻的繁殖方式有两类，一为营养繁殖，包括细胞直接分裂（即裂殖）、群体破裂和丝状体产生藻殖段等几种方法，另一种为某些蓝藻可产生内生孢子或外生孢子等，以进行无性生殖。孢子无鞭毛。目前尚未发现蓝藻有真正的有性生殖。
绿藻：
绿藻门植物的繁殖方式也多样，无性生殖和有性生殖都很普遍，有些种类的生活史有世代交替现象。有通过营养繁殖、无性植物繁殖的;而有性繁殖的方式多种多样。同配、异配和卵配都有存在。绿藻通常会有包含纤维素的细胞壁，进行无中心粒的开放有丝分裂。 有性生殖常见，其配子有2或4条尾鞭型鞭毛。无性生殖有裂殖(原球藻属)、段殖或产生动孢子和不动孢子(丝藻属、鞘藻属)等方式。