厦门大学的临床医学在985学校中表现一般，在全国范围内也只是处于一般水平。以下是几个方面的具体分析：
厦门大学医学院是厦门大学的二级教学单位，成立于1996年。与其他很多985学校的合并医科大学不同，厦门大学的医学院起步晚，基础弱。
如果将临床医学划分档次，大体上是这样排列的：第一档：北京协和、北大医学院、复旦医学院和上海交大的医学院。第二档：川大华西、中山医学院、中南湘雅和华科的同济医学院。第三档：浙江大学医学院、首都医科大学。第四档：山大齐鲁医院、海军医科大学、空军医科大学等。
判断一个大学的临床医学好坏，除了师资力量等方面，还需要考虑以下几个因素：a. 学科评估结果。b. 附属医院的情况。一个好的医科大学必须有好的附属医院。
在学科评估中，厦门大学的临床医学只是一个C级学科，表现比较差，与新乡医学院、南通大学在同一档次。
厦门大学有以下几所附属医院：厦门中山医院、厦门眼科中心、厦门市仙岳医院、厦门市第二医院、厦门市妇幼保健院、厦门市中医院、厦门市第一医院、厦门市第一医院等。这些医院在全国百强医院中没有上榜，说明实力还有差距。
福建省内，厦门大学的临床医学表现不如福建医科大学。福建医科大学附属的医院是福建省最好的，百强中协和和附一是福建医科大学附属，省立虽然不是但是和医科大学关系密切。
1996年，厦门大学医学院招收第一批学生，在实习时被福建医科大学的学生秒杀。
如果打算留在福建省，首选福建医科大学；如果打算出省发展，则首选厦门大学。不过，厦门大学的一个明显优势在于保研后的起点很高，都是老牌名校。