擅自离职的工资计算：按照正常结算工资，但是单位不再支付补偿金以及赔偿金。若员工特殊理由擅自离职的，用人单位可以在结清工资后，可向员工要求赔偿造成的损失。
法律依据：《劳动合同法》第九十条 劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》第十八条 职工解除劳动合同，应当严格按照《劳动法》的规定，提前三十日以书面形式向用人单位提出。职工自动离职属于违法解除劳动合同，应当按照相关法律规定承担赔偿责任。
《工资支付暂行规定》第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。