马来群岛的地形特征是地势崎岖，山岭很多，平原较少，河流较短。马来群岛处于地壳运动活跃的地方，由于三大板块（太平洋板块、印度洋板块和亚欧板块）彼此挤压，时常引发地震。在地壳隆起形成山地的同时，地下灼热的岩浆也顺地裂缝上涌，在地面喷发形成火山。
气候特点
马来群岛的气候分属于两种类型。印度尼西亚群岛主要是赤道多雨气候，全年高温多雨，是典型的赤道气候。但由于受位置（分居南北半球）和地形等因素的影响，内部气候仍有差异。印度尼西亚群岛的气候介于亚、澳两大陆气候之间，亦兼有热带季风气候的特色，这是印度尼西亚群岛气候与非洲和南美大陆赤道多雨气候的不同之处。