（1）农产品质量标准管理
农产品质量标准是对农产品进行检验的依据，对于规范农产品生产、提高农产品质量水平发挥着重要的作用，是农业标准体系的重要组成部分。近几年，我国加快农产品质量标准制订、修订步伐，已累计出台国家标准800余项、行业标准2380项、地方标准8000余项，形成了以国家和行业标准为主体、地方标准为配套、企业标准为补充的农业标准体系。（2）农产品产地质量管理
县级以上地方政府具有监管农产品产地质量的职责。县级以上地方人民政府农业行政主管部门按照保障农产品质量安全的要求，根据农产品品种特性和生产区域大气、土壤、水体中有毒有害物质状况等因素，认为不适宜特定农产品生产的，提出禁止生产的区域，报本级人民政府批准后公布。禁止在有毒有害物质超过规定标准的区域生产、捕捞、采集食用农产品和建立农产品生产基地。
同时，县级以上人民政府应当采取措施，加强农产品基地建设，改善农产品的生产条件，包括：禁止违反法律、法规的规定向农产品产地排放或者倾倒废水、废气、固体废物或者其他有毒有害物质；农业生产用水和用作肥料的固体废物，应当符合国家规定的标准；监督农产品生产者合理使用化肥、农药、兽药、农用薄膜等化工产品，防止对农产品产地造成污染。（3）农产品生产质量管理
①农业投入品的生产许可与监督抽查。对可能影响农产品质量安全的农药、兽药、饲料和饲料添加剂、肥料、兽医器械，依照有关法律、行政法规的规定实行许可制度。各级政府农业行政主管部门应当定期对农业投入品进行监督抽查，并公布抽查结果，建立健全农业投入品的安全使用制度。
②农产品生产档案记录。农产品生产企业和农民专业合作经济组织应当建立农产品生产记录，记载事项包括使用农业投入品的名称、来源、用法、用量和使用、停用的日期，动物疫病、植物病虫草害的发生和防治情况，收获、屠宰或者捕捞的日期。农产品生产记录应当保存两年。
③农产品质量安全控制体系。农产品生产者应当按照法律、行政法规和国务院农业行政主管部门的规定，合理使用农业投入品，严格执行农业投入品使用安全间隔期或者休药期的规定，防止危及农产品质量安全。农产品生产企业和农民专业合作经济组织，应当自行或者委托检测机构对农产品质量安全状况进行检测。农民专业合作经济组织和农产品行业协会对其成员应当及时提供生产技术服务，建立农产品质量安全管理制度，健全农产品质量安全控制体系，加强自律管理。（4）农产品包装和标识质量管理
①农产品包装与标识的要求。包装上市的农产品，应当在包装上标注或者附加标识，标明品名、产地、生产者或者销售者名称、生产日期。有分级标准或者使用添加剂的，还应当标明产品质量等级或者添加剂名称。不能包装的农产品，应当采取附加标签、标识牌、标识带、说明书等形式标明农产品的品名、生产地、生产者或者销售者名称等内容。其目的是逐步建立农产品质量安全追溯制度。
②对于特定农产品的要求。国务院农业主管部门规定在销售时应当包装和附加标识的农产品，应当按照规定包装或者附加标识后方可销售；属于转基因生物的农产品，应当按照农业转基因生物安全管理的规定进行标识；依法需要实施检疫的动植物及其产品，应当附具检疫合格的标志、证明；农产品在包装、保鲜、贮存、运输中使用的保鲜剂、防腐剂和添加剂等材料，应当符合国家有关强制性的技术规范；销售的农产品符合农产品质量安全标准的，生产者可以申请使用无公害农产品标识；农产品质量符合国家规定的有关优质农产品标准的，生产者可以申请使用相应的农产品质量标志。（5）农产品质量监督检查管理
①农产品不得上市销售的情形。含有国家禁止使用的农药、兽药或者其他化学物质的，农药、兽药等化学物质残留或者含有的重金属等有毒有害物质不符合农产品质量安全标准的，含有的致病性寄生虫、微生物或者生物毒素不符合农产品质量安全标准的，使用的保鲜剂、防腐剂、添加剂等材料不符合国家有关强制性的技术规范的，其他不符合农产品质量安全标准的。
②农产品质量安全监测制度。县级以上人民政府农业行政主管部门对生产中或者市场上销售的农产品进行监督抽查。监督抽查结果由省级以上人民政府农业行政主管部门按照权限予以公布，以保障公众对农产品质量安全状况的知情权；监督抽查检测应当委托具有相应的检测条件和能力的检测机构承担，并不得向被抽查人收取费用，被抽查人对监督抽查结果有异议的，可以申请复检；县级以上农业主管部门可以对生产、销售的农产品进行现场检查，查阅、复制与农产品质量安全有关的记录和其他资料，调查了解相关情况，对经检测不符合农产品质量安全标准的农产品，有权查封、扣押；对检查发现的不符合农产品质量安全标准的产品，责令停止销售，并进行无害化处理或者予以监督销毁。
《农产品质量安全法》对各种违法行为的处理、处罚做出了详细的规定。