江宁医保和南京医保并轨将解决一下问题：
1、机构性质：
南京市社会保障部门与江宁社会保障部门是两个完全独立没有隶属关系的行政机构，南京与江宁的关系相当于南京与上海的关系，互为外地。
2、社保转移：
原来在南京市缴纳社会保障的人员转到江宁时，只能转移社保当中的养老保险，医疗保险、失业保险、生育保险、大病工伤等保险不能转移，只能作废，到江宁之后从零开始；反之，从江宁转回南京也相同，只能转移养老保险。
3、医保卡使用制度：
医保卡两边不通用，在哪里参保则在哪里使用，江宁区参保的员工只能在江宁区域内看病及住院，南京市的只能在南京市。如果员工所在公司有医疗报销福利制度，则医保卡不通用对员工个人的影响还不是很大，如果员工所在公司没有医疗报销福利制度，则对在江宁参保的南京市户籍的员工有较大影响。
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