（一）主线
A）台海通道中主线泉州—台中彰化桥隧设计方案，通行2-4线铁路，时速200公里以上，分成五段：
1、从崇武至西桥隧连接岛的西段桥梁，长度13.2km，水深0-38m，预计基岩为不太深的花岗岩，留一个近岸
航道供附近港口通航，桥型选择上，在航道上建一跨斜拉桥或悬索桥，其余部分采用梁桥、拱桥、钢构等桥型，难度小、风险低、造价少、工期短，预计造价40-130亿元。
2、西桥隧连接岛，长度3km，水深38-40m，估计基岩为花岗岩，可先采用钢板桩或混凝土板桩进行围堰，抽水干场后，在围堰内进行隧道掘进施工，并以2%的坡度实现路面从+5m标高桥面到-55m标高隧道的过渡，隧道掘进挖出的渣料可就地用以填筑人工岛，人工岛筑成后可作为通道运行的一个中继站及隧道通风口，预计本段造价3-30亿。
3、海底隧道段，为整个工程的关键性控制性工程，长度46.6km，水深40-77m，除了从两端桥隧人工岛相向掘进外，可在中点再建一座人工岛，把整个隧道分为各长23.3km的两段，本处水深65m，可先筑造一个直径二三百米的大圆筒围堰，水抽干后再挖竖井至隧道线位上，然后分别向两侧挖掘隧道，挖出的渣料就地抛填于围堰内用以填筑人工岛。本人工岛在施工期间可作为隧道的掘进基地和通风口，使得隧道平均掘进长度缩短到11.65km，在竣工运行后，则作为隧道的通风口和应急中继站。预计本段隧道造价为1400-1800亿元 。
B）泉州—台中彰化全线架桥和人工岛方案，可以在见两个至三个人工岛，桥梁可以设计建造两层，底层为铁路，两线货运，两线客运，客运线可以设计350公里时速的高铁。上层设计为八车道高速公路，这个方案也是很理想的。该方案是一桥两用，铁路有四线，客货分开，效益非常高。大陆和台湾往来开车一个半钟头就可以跨越海峡到对岸很方便。客运可以连接台湾的新干线，货运可以连接台湾的物流中心。
本段海底隧道长度与英法海底隧道，或日本青函海底隧道，或渤海海峡南桥北隧方案中的隧道的长度相当。
英法海底隧道：总长51km，其中海底部分38km，耗资100亿英镑（约150亿美元），包括三条平行隧道，其中两条铁路隧洞直径7.6m，各通行一线铁路，一条服务隧道直径4.8m，掘进机法施工，历时8年多。
跟平潭-新竹线相比，本线虽然跨海线路较长，为175.4km，比北线的128km长40km，但是，本线水浅优势非常明显，从而带来几点好处：
1、使得作为关键性控制性工程的海底隧道大大缩短，以40米水深为界，北线隧道长达106.3km，中南线隧道长仅46.6km，相差达59.7km！这就带来了难度、风险、造价、工期的极大压缩，对今后通道运行也有好处。就造价而言，中南线比北线估计可节省约1500亿元。
2、在隧道部分，北线水深为40-87m，中南线水深为40-77m，北线平均水深和最大水深都比中南线大近10米，这就造成了勘察难度和风险增大，海底水压也增大，以致施工风险大增。
3、中南线可在中点位置上建一座中继人工岛，将整个隧道分成各长23.3km的两段，人工岛水深65m，这在
不久后技术上是完全可以实施的，而北线至少要建设三座中继人工岛，把隧道分成平均26.575km的四段，三岛水深51m、61m、76m，水深七八十米在施工技术上还很遥远。
（二）澎湖支线
中南线的另一大优点是提供了连接澎湖、金门的最可行途径。
澎湖支线设计通行单线铁路，时速160公里以上，桥隧方案也分五段：
1、从澎北主线上引出两条匝道至北桥隧连接岛，长度各约3km，水深约16m，转弯半径约2000m。
2、北桥隧连接岛，长度3km，水深16-40m，路面坡度2%。
3、海底隧道，长度27.3km，水深40-83m。
4、南桥隧连接岛，长度3km，水深0-40m，利用澎湖北部目斗屿等岛屿礁滩。
5、从桥隧连接岛到吉贝岛的桥梁，长度7.5km，水深很浅。
由于通航要求较低，也可考虑全桥方案，这需要绕开深水区。
（三）金门支线，只需在泉厦交界处附近，从福厦铁路、沿海客专、沿海货专引支线通往金门即可。
