(一)地震问题
历史上,泉州发生过大地震,但已经是四百年前的历史了,四百年来此线位的地震已趋于平静。台湾海峡的主要地震威胁在于东岸,北线和中南线在地震方面差别并不大。旧金山金门大桥、日本明石大桥、青函隧道、意大利墨西拿大桥等等著名跨海工程也都修建在地震带上,而且强烈、活跃得多,琼州海峡、渤海海峡也发生过类似地震。
(二)台风问题
台海通道工程如果采用桥梁,尤其是大跨悬索桥,就必须特别考虑强风问题。泉州彰化一线由于台湾高大山脉的挡风墙效应,强风影响较小,且桥隧方案中,桥梁基本都采用抗风效果好的桥型。而平潭、新竹是台湾海峡最著名的强风地带,非常不利于建桥,且如果在深水区建桥,势必需要大跨度的悬索桥,这是最不利于抗风的桥型。
(三)通航问题
台湾海峡是世界黄金水道,船舶通行非常繁忙,隧道可以避免和通航的冲突,但造价、难度太大,桥隧结合无疑是最佳解决方案,正好台湾海峡主航道在于中线偏西,而泉州-彰化线隧道位置也正好在主航道上,其余桥梁部分通航要求很小,可谓完美。
(四)通行问题 跨海长通道对于驾车来说存在着很大的压力和风险,通行铁路有利于人的专业化分工、自动化运行,使大量驾车者得以解放,速度效率更高,风险压力更低,因此海峡通道最好是通行铁路,车辆可通过列车拖挂的。