福建省是全国恶性肿瘤的高发区，每年恶性肿瘤发病约7万人，死亡约4万人，恶性肿瘤死亡率男性居全国第三位，女性居第四位，福州市居全国中小城市第一位，其中福州市的长乐市和厦门市的同安区分别是胃癌和肝癌的高发区。为了保障福建省人民的生命健康，福建省人民政府于五十年代后期即考虑肿瘤医院的筹建工作，1959年在福建省立医院成立了肿瘤科，购置了肿瘤治疗设备深部X线机和苏联钴60放射治疗机。1965年提出肿瘤研究室编制20人，1966年后因“文化大革命”开始，筹建工作中断了10年。
1976年至1986年是医院筹建阶段。
1976年11月19日，福建省革命委员会正式批准筹建省肿瘤医院。
1979年11月，福建省卫生局成立“福建省肿瘤医院筹备小组”，任命原省立医院副院长郜金城为组长，尹汉源为副组长。在省政府原副省长伍洪祥的亲自关心下，经过多方位的选址规划、周密的勘测设计，决定选址在有发展空间的福州市东郊福马路凤坂，设计建设规模400张病床，总投资400万元，工程分期进行，第一期工程征地80亩，第二期40亩。
1986年，省政府原副省长胡平亲临医院视察，用省长基金解决了第二期工程征地的款项。由于老一代领导远见卓识的战略性决策，为建设一所现代化的肿瘤专科医院提供了宽敞的舞台，为福建省肿瘤防治事业发展的篇章，书写下具有深远意义的一笔。
1981年，在各级领导部门的关心支持下，医院第一期工程正式破土动工，先建病房大楼、附属设施及生活区，设计建筑面积37006平方米。
1982年8月，陆世法同志任党委书记（1982.8－1987.11），期间曾任党总支部书记。
1984年4月12日，正式成立“福建省肿瘤医院”，任命原省立医院肿瘤科主任苏璧泓为福建省肿瘤医院第一任院长（1984.6－1992.12），童国泉同志任技术顾问，召回并抽调在省立医院学习、贮备的医护人员和肿瘤科的部分人员作为技术骨干，成立福建省肿瘤医院护士学校培养护士，将省立医院放射治疗设备及省妇幼保健院镭针无偿移交肿瘤医院使用。
1984年7月，在基建尚未完成，条件比较艰苦的情况下，开始边基建边收治肿瘤病人。
1986年5月，第一期工程正式竣工验收，总建筑面积37295平方米，其中病房大楼12706平方米，简易病房2630平方米，放射治疗楼2503平方米，医疗辅助用房5791平方米，生活用房13665平方米。
1986年11月，省计委下达第二期工程任务书，建筑面积22800平方米，其中医疗用房7200平方米（含门诊部、X光室、同位素、制剂室等），电教及肿瘤研究所4000平方米，行政办公、职工住宅11600平方米，总投资846万元（含二期征地款146万元）。1986年11月12日，隆重举行了福建省肿瘤医院挂牌开院典礼，标志着福建省三千多万人民的肿瘤防治，从此有了重要保障。
1987年2月，徐培玉同志任党委书记、副院长（1987.2－1999.3）。
1988年，福建医科大学成立肿瘤教研室挂靠在省肿瘤医院，医院成为福建医科大学的教学医院。为加强肿瘤防治工作，1987年、1991年先后在长乐县和同安县建立了胃癌防治点和肝癌防治点，开始进行肿瘤流行病学研究。
从1979年筹建至1992年，经过历任院领导和职工13年的艰苦创业和执着追求，医院建设初具规模，医疗质量和服务水平有了明显的提高，取得了良好的社会效益，逐步赢得了肿瘤病人和家属的信赖，为我院进一步发展打下了坚实的基础。1993年至1997年是创建三级甲等医院阶段。
1998年至2004年是医院第二轮创业阶段。
2005年至今，是医院开展医院管理年活动和等级医院复审工作阶段。
