办公室
协助委领导对全委工作进行综合协调，组织机关日常工作；负责委党组、委领导的秘书工作；管理委机关公文处理、政务信息、保密、机要、信访、保卫、计划生育等工作，并指导全委的相关工作；负责委党组、委主任办公会议决策及重要事项的督办，组织重要会议，管理机关行政会议计划；管理协调委机关政务公开，归口管理委宣传工作，承担《中国水利报》珠江记者站工作；负责委机关内部规章制度建设，组织委重要接待工作；承担委机关财务管理、固定资产管理、集中采购工作，编制委机关预算并组织实施；监管委机关物业，归口管理全委史志和档案工作；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
办公室内设综合科（保卫科）、秘书科（宣传科）、机关财务科。
规划计划处
组织编制流域或流域内跨省（自治区、直辖市）的江河湖泊的综合规划及有关的专业或专项规划并监督实施；负责流域管理范围内的水工程建设规划同意书制度的组织实施；组织开展流域控制性水利项目、跨省（自治区、直辖市）重要水利项目与中央水利项目的前期工作。根据授权，负责流域内有关规划和中央水利项目的审查、审批以及有关水工程项目的合规性审查。对地方大中型水利项目进行技术审核;对委属基础设施建设项目进行审查、审批。提出流域内中央水利项目、水利前期工作、直属基础设施项目的年度投资计划并组织实施。指导珠江河口的治理和开发；组织、指导流域内有关水利规划和建设项目的后评估工作。组织实施流域有关防洪论证工作。负责流域水利统计工作；按规定指导流域内农村水利及农村水能资源开发有关工作，指导水电农村电气化和小水电代燃料工作；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
规划计划处内设规划科、计划科。
水政水资源处（水政监察总队）
依据《水法》等有关法律法规，拟订流域性的水利政策法规，负责职权范围内的水行政执法、水政监察、查处水事违法行为；负责省际水事纠纷的调处工作；组织、指导依法行政，规范行政许可工作，承办行政复议、行政诉讼等工作；组织实施取水许可制度和水资源有偿使用制度的实施和监督；组织编制水资源专业规划并监督实施；组织指导流域水资源调查评价和监测工作；组织拟订流域内省际水量分配方案，监督实施水资源调度工作；组织或指导流域内有关重大建设项目的水资源论证工作；参与指导协调流域饮用水水源保护、地下水开发利用和保护工作。指导流域地下水及非传统水资源的开发利用工作和流域内城市供水、节水和污水处理回用等工作；组织编制和发布流域水资源公报；指导流域内地方节约用水和节水型社会建设有关工作。承担上级部门和委领导交办的其他事项。
水政水资源处（水政监察总队）内设水资源管理科、政策法规科、水政监察科（水政监察总队办公室）。
财务处
研究拟订财务管理、预算管理、政府采购管理、国库资金集中支付管理、国有资产监督管理等规章制度并组织实施；负责编制中央水利部门预决算并组织预算的执行，归口提出中央水利非建设性财政资金安排的意见，研究拟订水利预算项目规划并组织实施；负责事业单位财政性资金支付、政府采购和全委中央水利国有资产、经济合同的监督管理工作；按照规定或授权负责具有流域控制性的水利工程和跨省(自治区、直辖市)水利工程等中央水利工程的国有资产的运营或监督管理；参与中央直属和直管工程的水价电价管理的有关工作；承担中央水利资金的监督检查和绩效考评工作；承担委本级财务管理和会计核算工作，指导委机关和直属单位的财务管理和会计核算工作；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
财务处内设预算管理科、资产管理科、财务科。
人事处
组织拟订委人才规划并组织实施，负责直属单位领导班子、委管干部队伍建设和干部监督工作，承办委机关并指导直属单位的人事管理、劳动工资和社会保险工作；负责机构编制管理；承办委管干部的日常管理；组织拟订委管干部及委机关干部的培训计划并监督实施，指导直属单位职工教育培训和职业技能开发工作；负责人事劳资统计工作；归口管理委表彰奖励工作；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
人事处内设干部科、综合与劳资科、人才与培训科。
国际河流与科技处
负责协调处理国际河流有关涉外事务；负责委外事工作，归口管理涉及港澳地区有关水事工作；负责开展水利科技和质量技术监督工作；制定科学技术发展规划；组织重大科研、技术引进项目申报并归口管理；组织科技成果推广工作；组织重大学术交流活动；参与拟定水利行业技术标准并监督实施；组织科技成果的鉴定、评审工作；组织委科学技术奖的评审，负责省（部）级科学技术奖推荐工作；归口管理对外科技、经济合作交流；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
国际河流与科技处内设国际合作科、科技管理科。
建设与管理处
指导流域内河流、湖泊及河口、滩涂的治理和开发；按照规定权限，负责流域内水利设施、水域及其岸线的管理与保护以及重要水利工程的建设与运行管理；按照授权负责流域内水利工程质量监督；指导流域内水利建设市场监督管理工作；负责授权范围内河道管理范围内建设项目的审查许可及监督管理；负责组织授权范围内建设项目洪水影响评价审查；负责授权河段采砂管理，指导、监督流域内河道采砂管理有关工作；指导流域内重要水利工程移民管理工作；归口管理委属基础设施工程建设管理；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
建设与管理处内设建设管理科、工程管理科。
水土保持处
指导、协调流域内水土流失防治工作。组织有关重点防治区水土流失预防、监督与管理；负责流域内中央投资的水土保持建设项目的实施，指导并监督流域内国家重点水土保持建设项目的实施。组织编制流域水土保持规划并监督实施。负责流域内国家立项审批的大中型生产建设项目水土保持方案实施的监督检查工作。组织开展流域水土流失动态监测、预报和公告。指导流域内地方水土保持工作；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
水土保持处内设综合科、监督科。
农村水利处
参与指导全国有关农村水利专项规划的编制与实施；组织开展流域内农村水利省级专项规划、重大项目前期工作的咨询、技术审查以及相关水资源论证；组织流域内农村水利重点工程的专项检查、督查，对流域内反映的农村水利有关问题进行调查，提出处理意见；组织开展流域内农村水利重大政策研究、农村用水状况分析等工作；负责流域内农村水利相关数据的统计、分析和汇总工作；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
农村水利处内设农村水利科、监督管理科。
安全监督处
指导流域内水利安全生产工作，负责委内安全生产工作及委直接管理的水利工程安全监督；根据授权，组织、指导流域内水库、水电站大坝等水工程的安全监管和检查；负责委内生产安全事故统计、报告；承担委安全生产领导小组办公室的日常工作；开展流域内中央投资的水利工程建设项目稽察；归口管理应急管理工作；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
安全监督处内设安全生产科、稽查科。
防汛抗旱办公室
负责珠江防汛抗旱总指挥部的日常工作；组织、协调、指导、监督流域防汛抗旱工作；组织、协调、指导台风、山洪等灾害防御和城市防洪工作；组织制定或参与制定流域防御洪水方案和洪水调度方案并负责监督实施；按照规定和授权对重要的水利工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度；负责流域内蓄滞洪区洪水影响评价，指导、监督流域内蓄滞洪区的管理和运用补偿工作；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
防汛抗旱办公室内设综合科、调度科、工程与减灾科。
监察处（审计处）
按照国家有关政策和法律、法规，履行监督、惩处、教育和保护职能。对贯彻执行国家法律法规、政策、决议和命令的情况进行监督检查，对违法违纪行为进行调查和处理。受理对监督对象违法违纪行为的检举控告，受理被处分人员的申诉；组织开展廉政教育。组织制定各项内部审计规章制度，对投资计划、经费预算、专项资金使用等进行审计监督；对委属单位负责人进行任期（离任）审计；对严重违反财经纪律的问题进行审计。承担上级部门和委领导交办的其他事项。
监察处 （审计处）内设综合科。
离退休职工管理处
贯彻党中央、国务院有关离退休干部工作方针、政策，组织拟定实施办法；组织落实委机关离退休干部的政治和生活待遇，引导离退休干部发挥积极作用；参与委机关离退休干部经费管理工作；负责委机关离退休干部日常服务管理工作；组织委机关离退休干部开展文化体育活动；指导委属单位离退休职工管理工作；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
离退休职工管理处内设综合科。
直属机关党委
直属机关党委宣传贯彻党的路线、方针、政策和上级党组织的决议和指示；负责委机关和直属单位的党建工作；负责精神文明建设工作和思想政治工作；领导机关工会、共青团和妇联工作；指导所属各级党组织发展党员、党员教育、管理和统战工作；负责全委精神文明建设规划编制，并组织开展相关活动；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
直属机关党委内设直属机关党委办公室、直属机关团委。
中国农林水利工会珠江委员会
负责委内工会工作；组织职工参政议政；维护职工的合法权益；建立长效帮扶机制，为困难职工排忧解难；开展群众性文体活动；协助和督促有关部门做好劳动安全卫生和社会保险等工作；承担上级部门和委领导交办的其他事项。
中国农林水利工会珠江委员会内设工会办公室。 [2]
单列机构
珠江流域水资源保护局
负责流域水资源保护工作。组织编制流域水资源保护规划，组织拟订跨省（自治区、直辖市）江河湖泊的水功能区划并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量意见，负责授权范围内入河排污口设置的审查许可；负责省界水体、重要水功能区和重要入河排污口的水质状况监测；指导协调流域饮用水水源保护、地下水开发利用和保护工作；承担上级部门和委领导交办的其他事项。 [2]
事业单位
1.珠江水利委员会水文局（副局级、与珠江流域水资源保护局合署办公）
2. 珠江水利委员会珠江水利科学研究院（副局级）
3.珠江水利委员会西江局（正处级）
4.珠江水利委员会珠江水利综合技术中心（信息中心）（正处级）
5. 珠江水利委员会服务中心（正处级）
6.珠江水利委员会珠江流域水土保持监测中心站（正处级） [2]
委属企业
1.珠江水利水电开发有限公司
2. 中水珠江规划勘测设计有限公司
3. 广西右江水利开发有限责任公司 [2]
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