法律分析：药房医保款项财务管理制度：一、药店应设置专职财务人员对门店医保款项进行监督、管理及核算。二、财务人员应建立相关往来账目对门店医保款项进行登记核算。应建立应收账款——医保款二级明细账，用来专门核对当月医保IC卡销售额、当月应收财政医保款项回拨金额、当月应收医保保证金金额往来情况。三、药店应建立专用银行账户用于医保款项回拨管理。四、财务人员应将医保数据核对准确及时打印每月职工、个体《定点零售药店销售费用情况申报表》并报送医保中心。五、财务人员每月应将定点医疗机构医疗费用结算表进行整理、核对数据开具收款收据报送财政局。并将结算表留存联进行审批、挂账做账务处理。
法律依据：《医疗保障基金使用监督管理条例》 第十二条 医疗保障经办机构应当按照服务协议的约定，及时结算和拨付医疗保障基金。定点医药机构应当按照规定提供医药服务，提高服务质量，合理使用医疗保障基金，维护公民健康权益。