法律分析：根据相关的劳动法规定，公司是不能克扣员工的工资，也就是说，工资应该按照规定的时期，以货币支付给劳动者本人，不能克扣或是无故的拖欠员工的工资。但是对于有的单位会对员工进行罚款，相关的《工资支付暂行规定》规定，用人单位不得克扣劳动者工资。但是如果有以下的情况，单位是可以代扣的，比如，用人单位可以代扣或是代缴个人所得税，以及由劳动者本人支付的各种社会保险费用，或是根据法院的裁定可以从劳动者工资中扣除的赡养费等其他费用。只有这些情况公司才可以代扣劳动者的工资，也就是说只有在法定的情况下，公司才可以进行代扣员工的工资，其他的情况是不能私自代扣员工的工资的。而对于一开始我们说到的如果是由于员工的工作失误等，比如违反公司的规章制度有迟到或是早退等情况的，公司给予罚款的处罚，这种情况是否合法呢？在《工资支付暂行规定》中，如果是由于劳动者本人情况，给单位或是企业带来经济损失的，企业或是单位是可以根据相关的劳动者合同的约定要求劳动者本人进行经济赔偿的，或是可以从劳动者本人的工资中扣除，但是扣除的部分不能超过劳动者当月工资的20%,而如果扣除之后剩余的工资低于当地的月工资最低标准，则按照实际的最低标准进行支付。
法律依据：《劳动保障监察条例》 第二十六条 用人单位有下列行为之一的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿;逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的;
(二)支付劳动者的工资低于当地最低工资标准的;
(三)解除劳动合同未依法给予劳动者经济补偿的。