不会扣费的，学生已经交了学费，可以在助学贷款资金发放下来以后，凭借学费的缴纳发票，让
财务部的工作人员全额退还已经缴纳的学费。由于部分学校会要求用户先缴纳学费，因此只要助学贷款资金发放下来了，学校是会退还学费的，不可能一学年学校收两份学费。
拓展资料
1.
国家助学贷款是党中央、国务院在
社会主义市场经济条件下，利用金融手段完善我国普通高校资助政策体系，加大对普通高校贫困家庭学生资助力度所采取的一项重大措施。国家助学贷款是由政府主导、财政贴息、财政和高校共同给予银行一定风险补偿金，银行、教育行政部门与高校共同操作的专门帮助高校贫困家庭学生的
银行贷款。借款学生不需要办理贷款担保或抵押，但需要承诺按期还款，并承担相关
法律责任。借款学生通过学校向银行申请贷款，用于弥补在校期间各项费用不足，毕业后分期偿还。2012年8月8日，开发银行新增助学贷款将突破120亿元。
2.2015年7月20日，教育部等部门联合发布了《关于完善国家助学贷款政策的若干意见》。《意见》表示，为切实减轻借款学生的经济负担，将贷款最长期限从14年延长至20年，还本宽限期从2年延长至3年整，学生在读期间贷款利息由财政全额补贴。
3.2020年7月21日，教育部、财政部、
中国人民银行、银保监会等四部门联合印发《关于调整完善国家助学贷款有关政策的通知》（教财〔2020〕4号），通知明确，从还本宽限期、贷款期限和贷款利率等三个方面对助学贷款有关政策作出调整。