1861年9月，肃顺护送咸丰皇帝梓宫回到北京密云郊区，慈禧让胜保、僧格林沁率兵前往“查看”，并让御林军逮捕肃顺。
不久，肃顺被处以斩首，地点在北京菜市口，载垣、端华被勒令自尽，其余五位辅政大臣则流放边疆，这就是近代著名的“辛酉政变”，又称“祺祥政变”。
此后，慈安、慈禧垂帘听政，恭亲王奕摄政，入主军机处，清朝出现“太后垂帘，亲王摄政”并存之局面。
肃顺手握皇帝“遗诏”，又有曾国藩、左宗棠等地方实力派支持，为何会被慈禧轻易除掉呢？要知道，“辛酉政变”之前，肃顺从未将慈禧放在眼里，在朝廷上还公开挤兑慈禧，斥责“垂帘听政”是违背祖训，慈禧一点脾气都没有。
谁知，肃顺居然轻易被逮捕，斩首于北京菜市口。死前，肃顺大骂慈禧，官兵将其牙齿打碎，满嘴是血。
咸丰皇帝红人，手握皇帝“遗诏”，实为辅政大臣之首
肃顺，满洲镶蓝旗人，郑亲王济尔哈朗七世孙，算是皇室宗亲，血统高贵，地位显赫。
咸丰皇帝即位后，肃顺得到重用，因在“戊午科场案”、“查钞案”中表现突出，且与咸丰对外政策保持一致——排斥西方列强，深得重用。
“辛酉政变”之前，肃顺担任领侍卫内大臣、户部尚书、协办大学士，辅政大臣。
咸丰驾崩前，为防止慈禧专权，授予载垣、端华、肃顺、景涛，穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛等八人大权，让他们辅佐6岁小皇帝载淳。
从排名上看，肃顺是第三位，实则是第一位。
原因很简单，载垣、端华资历高，能力一般，政治上没啥主见，军国大事都是肃顺打理。对慈禧而言，肃顺是最强劲对手。
慈禧雄心勃勃，有武则天之潜质，咸丰深感不安。
为保住大清江山，咸丰给一向与慈禧关系不好的肃顺“密诏”，让他在非常时刻动手。对慈禧而言，“密诏”就是一把达摩克利斯之剑，压得她喘不过气来。要知道，咸丰临死前，肃顺还建议皇帝效仿汉武帝诛杀钩弋夫人之故事，除掉慈禧，以绝后患，可惜皇帝不听。