1、原生生物大部分都是单细胞生物，属于真核生物，包括最简单的真核生物。而原核生物是没有成形细胞核或线粒体的一类单细胞（或多细胞，例如：念珠藻）生物。
2、结构不同，原生生物的细胞内具有细胞核和有膜的细胞器。比原核细胞更大、更复杂。多为单细胞生物，亦有部分是多细胞的，但不具组织分化。而原核生物属于单细胞生物，拥有细胞的基本构造并含有细胞质、细胞壁、细胞膜、以及鞭毛的细胞。细胞壁不包括所有的原核生物，原核生物有一个例外：原核生物中，除了支原体，其余的都有细胞壁；支原体是唯一不具有细胞壁的原核生物。
3、所有原生生物都生存于水中。而原核生物部分生存在水中，部分不生存在水中。
4、所有的原生生物都进行有氧呼吸。他们的营养方式也是真核生物中变异最大的，有些为自养 ，有些为异养，还有些为混合营养 的，可行光合作用和异养 (如眼虫) 。而原核生物细胞有些能进行有氧呼吸。有的原核生物如乳酸菌、产甲烷杆菌等，没有与有氧呼吸有关的酶，因此，只能进行无氧呼吸。总之，大多数原核生物能进行有氧呼吸。
原核生物(Prokaryotes)是原核细胞组成的生物，没有成形细胞核或线粒体的一类单细胞，包括蓝细菌、细菌、放线菌、螺旋体、支原体等。
70年代分子生物学的资料表明:产甲烷细菌、极端嗜盐细菌、极端耐酸耐热的硫化叶菌和嗜热菌质体等的16S rRNA核苷酸序列，既不同于一般细菌，也不同于真核生物。此外，这些生物的细胞膜结构、细胞壁结构、辅酶、代谢途径、tRNA和rRNA的翻译机制均与一般细菌不同。因而有人主张将上述的生物划归原核生物和真核生物之外的"第三生物界"或古细菌界。
原生生物， 包含于最简单的真核生物。全部生活在水中，没有角质。可分为三大类，藻类、原生动物类、原生菌类。它们的细胞内具有细胞核和有膜的细胞器。
原生生物是真核生物的一种，而真核生物与原核生物不同。真核生物含完整的细胞结构，有多种细胞器和细胞核，而原核生物无成型细胞核，只有拟核，细胞器只有核糖体。
真核生物和原核生物的介绍
一、原生生物
定义：大部分都是单细胞生物，它们的细胞内有细胞核和有膜的细胞器，它们都是真核生物。
单细胞藻类：有细胞核，有含光合色素的细胞器的真核生物比如衣藻、硅藻和小球藻。
黏菌：介于原生动物和真菌之间的真核生物，无细胞壁，营养体有细胞型和非细胞型，营腐生，孢子繁殖。
原生动物：有一个或多个细胞核，几乎都能运动的单细胞真核生物。比如变形虫，草履虫。
二、原核生物
定义：与真核生物不同，原核生物无成型细胞核，无核膜，遗传物质集中的位置叫做拟核。除核糖体外无其他细胞器，大小相对于真核生物较小。
真细菌：生活在常温常压等通常环境下，包括球菌、杆菌、螺菌、放线菌、衣原体和支原体等。除支原体无细胞壁外，真细菌有细胞壁、细胞质、细胞膜和拟核。细胞质中有核糖体。举例有蓝细菌、乳酸杆菌和大肠杆菌。
古细菌：生活在极端环境下，包括极端嗜热菌、极端嗜盐菌、极端嗜酸菌等。其细胞壁组成不是肽聚糖，因而不受青霉素影响，对抗生素利福平不敏感，有些的核酸、蛋白质还抗高温。举例有盐沼盐杆菌华润布氏甲烷杆菌。
