朱元璋一直以来都是一个极大争议的人物，可说是位贤君，也可称暴君。持正面评价者通常都是从其大力打击贪污，恢复经济着眼，历史记载朱元璋是少见勤政的皇帝；而持负面评价者则多从其高压统治着眼，如杀戮功臣、文字狱及廷杖。
洪武三年（1370年），杀中书左丞杨宪。
洪武六年（1373年），朱元璋鉴于开国元勋多倚功犯法，虐暴乡闾，特命工部制造铁榜，铸上申戒公侯的条令，类似战国时代的“铸刑鼎”，已经隐约透露了日后屠戮的信号。后来的胡惟庸案实际上成为朱元璋整肃功臣的借口。
洪武八年（1375年），德庆侯廖永忠因僭用龙凤诸不法事，赐死。廖曾沉船淹死小明王，为朱元璋称帝扫清障碍。刘伯温蹊跷病逝。刘曾参与暗害小明王的密谋。
洪武九年（1376年），空印案发。
洪武十二年（1379年），贬右丞相汪广洋于广南，旋赐死。
洪武十三年（1380年），诛杀左丞相胡惟庸。
洪武十五年（1382年），设立锦衣卫，加强明朝特务统治。
洪武十八年（1385年），郭桓案发。
洪武二十三年（1390年），李善长的家奴卢仲谦告发李善长与胡惟庸往来勾结，以“狐疑观望怀两端，大逆不道”见诛，接续又诛杀陆仲亨与唐胜宗、费聚、赵雄三名侯爵，株连被杀的功臣及其家属共计达三万余人，连“浙东四先生”（刘基、宋濂、章溢、叶琛）亦不能免。朱元璋还特地颁布《昭示奸党录》。
洪武二十六年（1393年），蓝玉被锦衣卫指挥蒋献诬告谋反，牵连到十三侯、二伯，连坐族诛达一万五千人，把打天下的将领几乎一网打尽，此时又颁布《逆臣录》，诏示一公、十三侯、二伯。
洪武二十七年（1394年），朱元璋杀江夏侯周德兴，以及杀颖国公傅友德，与他同时被杀的还有蓝玉的副将，在捕鱼儿海战役中立功的定远侯王弼，蓝玉死后不久，定远侯王弼就对傅友德说：“帝晚岁峻诛杀，我辈几无噍类矣”，朱元璋知悉后，赐死王弼。
洪武二十八年（1395年），开国六公爵最后一位仅存者冯胜被杀。至此，明朝的开国功臣几乎被杀尽，开国六公爵除了邓愈外，可以说无一善终。这时朱元璋说：“自今胡党蓝党概赦不问。”朱元璋晚年嗜杀，大臣们只要观察皇帝当日临朝的穿戴，即悉皇帝心情好不好，“太祖视朝，若举带当胸，则是日诛夷盖寡，若按而下之，则倾朝无人色矣。”
总括而言，朱元璋诛杀功臣是铁的事实，这也造成靖难之役时，能勤王卫主的老臣已经不多见，仅存者只剩下武定侯郭英、长兴侯耿炳文等人。曾经向朱元璋建议“高筑墙，广积粮，缓称王”的朱升，洪武三年告老还乡，特地向皇帝请求赏赐“免死券”，但他的儿子朱同最后被赐自缢。清代学者赵翼说朱元璋：“借诸功臣以取天下，及天下既定，即尽举取天下之人而尽杀之，其残忍实千古所未有。”
