泸沽湖入湖河流共18条（云南部分11条，四川 部分7条），其中常流河共9条（云南部分5条，四川 部分4条），分别为大渔坝河、乌马河、幽谷河、王家 湾河、蒗放河、凹垮河、蒙垮河、大嘴河、八大队河。 流入湖的山泉主要有三家村附近山溪、小鱼坝山 溪、洛水行政村附近大鱼坝山溪等。 泸沽湖，流入湖的山泉主要有三家村附近山溪、小鱼坝山溪、洛水行政村附近大鱼坝山溪等。除上 述泉水外，湖水主要靠雨水补给。泸沽湖流域的降水量略高于该湖流域的外 围地区，多年平均降水量约为1000毫米。其中全年降水量的89%集中在6～ 10五个月。由于泸沽湖的集水面积不大，故入湖河道都十分短小，较大的有 由东岸汇入的山垮河和南岸汇入的三家村河。临时性的沟溪汇水和区间坡面 漫流是湖水补给的一种主要形式。
湖水补给除雨量和四川泉水外，主要在于泸沽湖自身的地下水。泸源崖就是泸沽湖地下水的出水口所在地。 湖水的出口在东岸，每年6～10 月份，湖水经东侧的大草海注入前所河，再注入盖祖河（下游称永宁河），再注入卧龙河（又名卧落河、盐源河），入流理塘河，最后排入长江上游干流段金沙江的支流雅砻江。
泸沽湖为海陆水循环，属长江上游的金沙江水系，路经是：降水（地表和地下径流）==〉泸沽湖==〉湖水出口（位于湖泊东南面的草海）==〉盖祖河==〉雅砻江==〉金沙江==〉长江==〉东海（太平洋）。泸沽湖的丰水期集中在每年的6至10月，只有丰水期湖水才会由地表河道将水排出湖外，其他时间排水河道流量很小甚至无流量。除地表江河出水外，泸沽湖的溶蚀断层构造，也会导致湖水从湖盆内壁的溶洞向外流出。
卧龙河，又名卧落河、盐源河，为理塘河的最大支流，发源于盐源县卫城镇东后龙山，由东向西穿过盐源盆地，折北流至木里县麦地，入理塘河，河长167km ，流域面积8482 km 2，约占理塘河流域面积的44%，河口流量112 m /s3，约占理塘河一半，落差1632m ，干流水能理论蕴藏量39万千瓦，可能开发容量30万千瓦，流域内多山，河道呈半圆形弯曲，支流发育，主要支流有前所河、宁蒗河等。
理塘河，一名无量河，又有勒曲、木里河之称。该河发源于理塘县沙鲁里山系夏塞雪山垭口( 海拔5838m ) ，自西北向东南流经小、大毛垭坝，过理塘县以后河道作“ S”型弯曲，经濯桑至木拉西转向东南流进入高山峡谷，经木里县又急转东南，抵北纬27050’ 处右岸有卧龙河汇入，河道忽又急转东北，在洼里以南几成相反方向注入雅砻江。理塘河在理塘县境内河段称勒曲；在木里县境内河段又称木里河、小金河。在理塘县濯桑( 雄坝) 及木里县呷姑设有水文站。理塘河河长516ki n，落差3050m ，．流域面积19114 km 2，河口流量约268/s，水能蕴藏量222．2万千瓦。可能开发容量64．5万千瓦。该河中、上段地处平均海拔3500m 以上辽阔坦荡的高原，河道迂回曲折，切割甚浅，沼泽发育，湖泊成群，水草茂盛；下段属横断山区，河流下切渐深，坡陡流急。
