一切放归学问。从愿以注拟非才，左迁豫州刺史。为政严简，按察使奏课为天下第一等，玺书劳问， 赐绢百匹。无几，入为工部侍郎，转尚书左丞。又与杨滔及吏部侍郎裴漼、礼部侍 郎王丘、中书舍人刘令植删定《开元后格》，迁中书侍郎。十一年，拜工部尚书， 加银青光禄大夫，仍令东都留守。十三年，从升泰山，又加金紫光禄大夫，代韦抗 为刑部尚书。频年充校京外官考使，前后咸称允当。
御史中丞宇文融承恩用事，以括获田户之功，本司校考为上下，从愿抑不与之。 融颇以为恨，密奏从愿广占良田，至有百余顷。其后，上尝择堪为宰相者，或荐从 愿，上曰：“从愿广占田园，是不廉也。”遂止不用。从愿又因早朝，途中为人所 射，中其从者，捕贼竟不获。时议从愿久在选司，为被抑者所雠。
十六年，东都留守。时坐子起居郎论粜米入官有剩利，为宪司所纠，出为绛州 刺史，再迁太子宾客。二十年，河北谷贵，敕从愿为宣抚处置使，开仓以救饥馁。 使回，以年老抗表乞骸骨，乃拜吏部尚书，听致仕，给全禄。二十五年卒，年七十 余，赠益州大都督，谥曰文。