南岩古寺历史悠久，众所周知。然而究竟古寺建于何时，自古来流传众多说法，却未有详明的考证，似乎是一个深邃的谜语。随着古寺拓建重修工程的进展，这一问题引起广大善信和各界人士的关注。现将有关史料拾掇如下，以供参考。
历来古寺周边村落代代相传，均言古寺历史远溯于商朝，原名“青牛洞”，唐朝时始建大殿，香火已非常兴旺。2005年8、9月间，工程队挖掘大雄宝殿地基时，陆续挖出八九截石柱。有关专家考其造型，断定为唐朝物品，并猜测石柱折断、深埋土中的原因为地震造成。从石柱的大小，可以判断唐朝时古寺已经颇具规模。
有文字记载的历史，明朝初年即有章日慎与唐伯元二人创修古寺。其时古寺有“南岩”、“青牛洞”二名并称。
章日慎（字汝淑，又字少峰，揭阳人，隆庆元年（1567）任云南曲靖通判），与唐伯元为好友，创修南岩古寺的具体时间不详。章日慎有诗《题青牛洞壁·六首》传世。诗中有“古瀛文物从今盛”、“月台风榭此时兴”等句子，可知当年的创修工程有一定建树，对原有的建筑进行了翻新，并妥善安置、保管寺中的文物史料。
稍后的徐一唯（字宗会，号心溪，湖北蕲水人，万历九年（1581）进士，万历十八年（1590）任潮州知府），有《题青牛洞壁·二首》传世，诗中有“银山玉洞天生穴，美景良辰寿作朋”、“休谈岩穴非皋比，定得青山道益尊”等句，足证妙造天然的青牛洞至此时犹存。后来不知何时，洞天福地竟毁于历史沧桑。 其后，明朝天启元年(1621)，普宁知县云文彩与物我顶（一称大顶）大师募建南岩古寺。古寺自此几经兴废，历三百八十余年沧桑至于当代。其时古寺大门匾额便为“南岩古寺”，可见在明朝天启年间的人看来，寺院的历史已非常渺远，须冠以“古”字，表难以考证之意。
明朝崇祯年间，普宁籍官员林铭球曾扩建寺院前座。林铭球（字彤右），为崇祯戊辰年进士，官至大理寺右副，有《游南岩》诗传世。 明末清初的名贤罗万杰（字贞卿，号庸庵，揭阳人，崇祯甲戌进士，历官吏部员外郎）曾到古寺游玩，赞叹有加，认为“不可无斯游”。清康熙年间，著名学者惠士奇（江苏吴县人，进士出身，官至侍读学士，“吴中学派”创始人之一）曾隐居古寺，并设馆办学，培养人才。这些名人行止，从一个侧面反映了明、清时南岩古寺已名声远播。
清末之后古寺逐渐衰落，道场之风随之凋零。
1961年，古寺被普宁县人民政府定为文物保护单位；1988年，县政府颁发文物保护单位石刻牌匾，确定寺院四周保护范围。2004年初，社会有识之士、善男信女发起组建南岩古寺拓建重修筹建委员会，以前所未有的规模，拓展、修建南岩古寺系列文化旅游风景区。
2004年7月中旬，古寺左侧聚宝池古莲种遇缘自发五彩睡莲。2005年10月6日，建筑队于大雄宝殿地基中，挖出重81斤、数量7300多枚的古钱币，这批古钱币所属年代自汉至元，历经十代，种类异常丰富，足证古寺往昔的风光繁盛。
众多物事，加深了人们对古寺历史的了解。然而，古寺于唐朝之前状况如何，历来仅有民间传说。2004年11月7日，释海照妙空法师曾经运用神通观察，断定古寺前身肇于商朝，距今3650多年之久。法师并言其时印度佛教尚未传入东土，先民于古寺所在礼拜古佛，而非后世的释迦牟尼佛。此说于民间传说相合。法师玄谈，常人难解，现录之存世。
按说，国佛教系东汉时期自印度传入，似不可能先有先民奉佛之说。然而，依照佛学学理，若人世间因缘具足，佛陀即降生，示现八相成道，佛教于是逐步形成，这是因缘具足的缘故。因缘未具足，诸佛菩萨与众生的感应道交，也同样时时存在，真实不虚。众生有感，佛菩萨有应，有佛教的时候如此，没有佛教的时候也如此，本来平等无差。佛教正式产生之前，佛菩萨依然示现，只是其形式变幻，非凡夫之智所能测知。另外，按照《千佛名经》等诸多佛教经典的记载，释迦牟尼佛多次明确指出，娑婆世界现贤劫曾有拘留孙佛、拘那含牟尼佛、迦叶佛等三佛出世，第四位释迦牟尼佛在我们这一代人类中出现。史前佛教留下遗迹，并非绝无可能。禅宗大师南怀瑾先生曾经讲过，非洲有的国家，自远古以来代代相传观世音菩萨的六字大明咒。这与飞凤岭商代先民奉佛之说，殊有类通之处。
不过，究实而论，古寺的历史沿革，有赖更多的实物文据，愿各界有识之士参与考究 。
