国家药物及代谢产物分析研究中心是从事药物分析和药物代谢研究及咨询服务的开放性研究单位。该中心于1994年经国家科委批准，在中国医学科学院药物研究所分析室和仪器分析室的基础上建立的。该中心受卫生部领导，中国医学科学院药物研究所代管，业务上受国家科委指导，是我国药物及代谢产物研究、技术人员培训和药物分析服务的国家级分析研究中心。
中心的方向任务是结合国家新药研究与开发工作的需要，研究并开发药物分析的新技术、新方法，重点研究微量药物成分在生物体内的分析技术，主要包括：药物代谢转化的研究，体液中原型药物及代谢物分析方法的研究，中草药有效成分的分离、结构鉴定及分析，新药的质量控制研究，利用现代仪器测定药物有效成分的结构。
中心主任为中国科学院院士分析化学家周同惠教授，现有科技人员36人,其中高级职称者17人（包括研究员12人），中级职称者9人，初级职称者9人。
中心拥有的主要实验设备与大型精密仪器：高效液相色谱仪，气相色谱仪（日本岛津GC-9A），薄层扫描仪（日本岛津CS-930），库仑滴定仪，微量元素分析仪（意大利Carlo-Erba公司1106型），气-质联用仪（英国VG公司MD800，美国惠普公司HP5890A），毛细管电泳仪（美国Beckman公司P/ACE 5500），紫外可见分光光度计(日本岛津UV-3000), 傅立叶红外光谱仪（美国NICOLET公司IMPACT-400），500兆核磁共振仪(瑞士BRUKER公司AM-500)，300兆核磁共振仪（美国VARIAN公司Mercury-300型），高分辨质谱仪（英国VG公司ZAB-2F）, X-射线四园衍射仪（美国NICOLET公司R3M/E），氨基酸分析仪（日本日立公司L-8500），SGI图形工作站等。
中心于1997年通过计量认证，获得了国家技术监督局颁发的中华人民共和国计量认证合格证书[（97）量认（国）字（Z1667）号]及计量认证合格证。通过计量认证的项目有九项：
1.中草药及中成药成分分析：
中草药中的生物碱、苷类、黄酮、挥发油等成分的分离、结构鉴定及分析测定。
2. 药品质量检测：
临床应用和正在研制的化学合成药及其制剂，中药及其制剂的质量标准复检和制定。
3. 药物代谢转化及代谢产物分析：
正在研制的新药（化学合成药和天然产物中提取的单体）代谢转化及代谢产物分析。
4. 药物代谢动力学测试：
正在研制的化学合成药和天然产物中提取的单体代谢动力学测试（暂不包括放射性核素示踪法）。
5. 有机化合物元素分析：
药物及有机化合物中碳、氢、氮、硫、氟、氯、溴、碘、金属等的百分含量测定。
6. 药物及天然产物中提取的单体结构分析：
（1）红外光谱（IR）：测试方法有KBr压片、石蜡糊、液膜。
（2）紫外光谱（UV）：新药及天然产物中提取的单体定性、定量测定。
（3）质谱（MS）：对测试结果能进行数据检索。
（4）核磁共振谱（NMR）：一维氢谱、碳谱、磷谱及有关二维谱的测试。
7. 药物及其中间体和天然产物中提取的单体晶体结构分析。
8. 药物及天然产物中氨基酸成分分析。
9. 精子碱性核蛋白检测：
测定不育男性病人精子核中组蛋白和精核蛋白相对含量，该项检测是评价精子生育能力的重要指标。
