公司车辆违章处理流程如下：
1.违法驾驶车辆的，持车辆行驶证、驾驶证、身份证到车管所违法窗口排队；
2.提交相关资料，签署处罚决定书；
3.在接到处罚决定书之日起十五日内缴纳罚款。
如果公司车辆多次违章，可以绑定多个行驶证进行网上办理。按照规定，一辆车最多只能绑定三个驾驶证，而一个驾驶证最多只能绑定三辆车。绑定可亲自到车管所办理，也可在交管12123APP办理。驾驶证和机动车要提前绑定。如果是违法的，以后就没法处理了。
交管12123APP处理违章的方法：
1.下载12123app(Android和IOS系统v2.8.4版本)并登录；
2.选择在软件业务中心非法办理业务；
3.选择需要支付的未处理违章，点击下方处理支付；
4.选择微信或支付宝支付，然后点击支付。
也可以在车管所自助终端查询。
其中，当场违法执法应当在15日内到指定地点缴纳罚款，电子违法应当在确认违法信息后15日内缴纳罚款。电子违章通知书会在30天内确认，但实际上可以在年审前确认。逾期不缴纳罚款的，每日加收滞纳金，滞纳金为罚款金额的3%。
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