蛋白酶在多个领域展现出广泛的应用价值。首先，在皮革工业中，它扮演着重要角色，通过高效脱毛和软化过程，不仅显著节省了时间，还改善了工人的工作环境，提升了卫生条件。其次，蛋白酶在蚕丝处理方面也有所贡献，能够促进脱胶过程，确保丝绸制品的质量。在食品行业中，它被用于肉类嫩化，使食物口感更佳；在酿造业中，它有助于澄清酒液，提升酒体纯净度。
在医学领域，蛋白酶具有药用价值。例如，胃蛋白酶可用于治疗消化不良，酸性蛋白酶对于支气管炎的治疗也有积极作用，而惮性蛋白酶则用于脉管炎的治疗。此外，胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶在外科手术中扮演着净化创口和分解粘连组织的角色，对于创伤愈合过程至关重要。在科学研究中，蛋白酶还能帮助将组织分解为单个细胞，为细胞组织培养提供条件。
在日常生活中，我们可能不太直接接触到的是加酶洗衣粉，它含有碱性蛋白酶，能有效去除衣物上的血渍和蛋白污渍。然而，使用时需注意避免直接接触皮肤，因为这可能导致皮肤蛋白质损伤，引发皮疹或湿疹等过敏反应，因此在使用时要小心谨慎。
蛋白酶广泛存在于动物内脏、植物茎叶、果实和微生物中。微生物蛋白酶，主要由霉菌、细菌，其次由酵母、放线菌生产。