主要有武汉大学日语系、北京外国语大学日语系、东华大学日语系、广东外语外贸大学东方语言文化学院、北京第二外国语学院日语学院。
1、武汉大学外语学院日文学科：创建于中日建交前夕的1972年4月，是我国最早成立的一批小语种专业之一，2014年获得博士点，其硕士点获得教育部的批准也早于全国同类学科，甚至早于其它名牌大学，是中部地区最早能培养日语高层次人才的基地。
2、北京外国语大学日语系：具有学士、硕士、博士学位授予权，是国内办学层次齐全、质量较高的日语系。日语系教学层次分为本科、硕士、博士研究生，实行本、硕、博连贯制的教学科研体制。日语系创建于1956年，其前身为外交学院设立的日语专业。
3、东华大学日语系：外语学院日语系成立于2002年，是东华大学重点学科，是综合大学中唯一获得教育部·财政部“国家级特色专业建设点”殊荣的日语专业。日语系设有“日本语言文学”和“日语（国际经济与贸易）”两个专业方向，2005年开始招收日语硕士生。
4、广东外语外贸大学东方语言文化学院：1997年1月在原广州外国语学院东语系的基础上组建而成。其前身为组建于1970年10月的广州外国语学院“三系”，1983年院系调整时改称为东语系。学院现下设日本语系、印尼语系、泰语系、越南语系、朝鲜语系、阿拉伯语系、南亚语言文学系。
5、北京第二外国语学院日语专业：创建于1964年，现有教授8人、特聘教授1人、副教授19人（含日籍专任教师1人）、讲师5人（含日籍专任教师 1人）、外聘日籍专家3人。在50余年的人才培养过程中，日语专业为国家培养出了一批批品学兼优的毕业生。
参考资料来源：百度百科-武汉大学日语系
参考资料来源：百度百科-北京外国语大学日语系
参考资料来源：百度百科-东华大学日语系
参考资料来源：百度百科-广东外语外贸大学东方语言文化学院
参考资料来源：百度百科-北京第二外国语学院日语学院