清算中心是办理系统内各经办行之间的资金汇划、各清算行之间的资金清算及资金抵借、帐户对账等帐务的核算和管理的部门。
内设机构：办公室（党委办公室、纪委办公室）、人力资源部（党委组织部）、事业发展部、财务管理部（采购办）、业务管理部、技术管理部、开发部（开发中心）、工程部、运行部、事务管理部、无锡主站、基建办、上海中心筹备组、中央银行会计核算数据集中系统（ACS）筹备小组。
清算中心并是指某一个具体的机构.他是一种机构性质的总称.以银行为例,清算中心主要是指银行业务网来,及货币兑换过种中,他对各种货币汇率的结算,及各种商户通过终端支付资金到商户账户的一种清算等.包括信用卡,跨行业务费等.从某种意义上来讲,他起到一个中介作用.清算中心有很多种,除了银行业务,还有其他很多业务,但是总的来说,都是以银行最为典型。