位于福州铁路北站南广场，为1、3号线换乘节点，并与既有国铁、规划的温福铁路、汽车北站、公交枢纽站等形成交通枢纽。1、3号线斜向相交，形成“L”形换乘，1号线为地下二层，3号线为地下三层。
位于东街口，为1、4号线换乘节点。1号线车站沿八一七路设置，4号线车站沿杨桥东路设置，二线基本垂直相交，推荐采用“十“字换乘形式。1号线车站设计为地下三层岛式车站，4号线为地下二层岛式车站。位于南门，为1、2号线换乘节点。1号线车站沿八一七路设置，2号线车站沿古田路设置，形成“L”形通道换乘，保护十字路口的大榕树。2号线为地下二层岛式车站。1、2两线通过站厅层换乘通道实现付费区换乘。本站是重要开发节点，车站位于八一七中路，跨越群众路，与地下空间开发结合，为地下三层岛式车站。
1号线与规划的福厦铁路、长途汽车南站和公交枢纽形成大型综合换乘枢纽。1号线位于南站正下方，与福厦铁路基本垂直相交，1号线为地下二层岛式车站，铁路福州南站为高架三层。轨道交通与铁路客运实现无缝衔接，并与地面长途汽车客运站、公交枢纽站形成便捷换乘。位于东部新城发展主轴绿带上，规划的海峡文化艺术中心，CBD地区之间，为1、4、6号线三线换乘节点。1、6号线双岛平行换乘，为地下二层车站；4号线为地下三层站，与1、6号线通过站台换乘楼梯“T”形换乘，同时可以通过共用换乘大厅便捷换乘。
1、2号线建成后
据预测，2020年1、2号线投入运营后，将分别承担42.2万人和20.81万人的日客运量，高峰小时断面客流分别为1.77万人/小时和1.11万人/小时。届时，轨道交通占公交的比例达到10.8%，公共交通总客运量达到581万人次，在出行全方式中所占比重提高到34.5%。在规划轨道交通线网中，1号线是南北向主干线，2号线是东西向主干线，其功能和地位列于线网各线之首。1、2号线建成后将形成十字形主骨架，为最终实现规划轨道交通线网奠定坚实基础。配合规划中的城市近期发展方向，两线建成后还将有力支持铁路南站地区、南台岛、东部新城、金山工业区、大学城等重点开发地区的建设，促进“一轴、两片、六组团”城市空间结构的形成。
此外，1、2号线与福州铁路、公路、城际铁路等对外交通均有良好的衔接换乘条件：1号线经过铁路福州北站、福州南站、长途汽车北站、汽车南站；2号线经过上街客运西站、下院客运东站。项目建成后将有助于发挥福州市对海峡西岸经济区发展的辐射带动功能，促进区域协调发展。