第1个回答 2024-11-11
RNA的类型多样，相互作用复杂，对基因表达调控至关重要。为揭示RNA间相互作用，starbase数据库脱颖而出，由中山大学开发，专门用于RNA相互作用预测，包括miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA等。此数据库数据来源于实验验证，相对可信。
进入starbase，首页miRNA-Target栏目提供多种RNA相互作用预测。输入感兴趣RNA名称或ID，即可查询相互作用靶RNA。结果可下载为Excel或txt格式。
手动查询适用于少量RNA，但对于大量RNA预测，starbase无批量下载功能，耗时费力。为解决此问题，通过爬虫批量下载数据或使用API接口，尤其适用于miRNA-circRNA相互作用预测。API支持多种编程语言，R语言可实现批量操作。
首先下载包含人类miRNA信息的文件，参考API参数说明，通过R代码获取miRNA-circRNA相互作用对。文件合并后得到miRNA-circRNA相互作用关系对，便于后续分析构建ceRNA网络。
最终，starbase数据库提供高效工具，帮助研究人员深入理解RNA相互作用，推动基因表达调控研究。使用API接口实现自动化批量下载，提高效率，简化工作流程。