显微镜是精密贵重仪器，应严格遵守操作规程使用，要注意以下几点：（1）取用显微镜时，必须用一手握镜臂，一手托镜座，紧贴前胸，平端平放，切勿单手提取，以免零件脱落(特别是目镜易滑落)。 （2）不要随意取出目镜，以防灰尘入镜筒，严禁拆卸零件，以防损坏。（3）光学部分如有不洁，可用拭镜纸擦拭，切不可用手帕、手指或其他纸张擦拭，以免损坏镜头；其他部分如有灰尘，可用绸布擦净。（4）应防止水、酒精及腐蚀性药品等玷污显微镜。（5）使用显微镜应遵守先用底倍镜，后用高倍镜的操作程序。（6）使用显微镜时，必须两眼睁开，两手并用，边观察、边记录和绘图等。（7）显微镜使用后，先将载物台下降，取下玻片标本，放回原处。旋转转换器，使每一个物镜都不对着通光孔，再上升载物台，使镜头固定在载物台上，将反光镜镜面竖直，聚光镜降下。最后将各部分擦净，检查零件有无缺损，然后放还镜箱内。
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