选择接穗品种的适宜砧木并进行组配的方式。在砧木接穗相互影响下，嫁接果树的生长特性、结果能力、果实品质以及抗性等都会发生某种改变，特别是生长势不同的砧木、抗性砧木对接穗影响很大。对一定的接穗品种选择、组配适宜的砧木，使其具有最佳的生产能力，才能满足果树集约化栽培的需要，为获得较好的经济效益奠定基础。
接穗的影响
接穗是母本树上营养器官的一部分，它的阶段发育已经成熟，遗传性状相对稳定，所以嫁接树的生长、结果、果实品质以及树冠部分的抗性、适应性主要由接穗决定的；此外，生长势强的接穗对实生砧木根系的生长、例如根量的多少，分布深浅等也有一定影响。
根砧的影响
砧木对嫁接树树冠的大小、树的姿势、新梢生长量、结果早晚、果实品质、树的寿命以及对立地条件下土壤的适应性和抗性都有影响。如利用矮化砧木，可控制嫁接树生长，使树冠变得相对矮小，枝条较开张，提早结果，获得早期丰产；而不同的实生砧可延长树的寿命，提高其适应性；利用抗性砧木，可望增强树的抗逆性。砧木的这种影响只在当代起作用，但不能改变接穗品种的遗传性。
中间砧的影响
对接穗和基砧，都有一定影响，中间砧也不能改变接穗和根砧的遗传特性。
其他影响因素
砧穗影响的表现还受很多因素制约，如砧木利用方式、接口愈合程度、有无病毒侵染、环境条件及栽培技术措施等均能增强或减弱某一方面的作用，要使砧、穗的良好影响充分表现，应全面考虑这些因素。
砧穗选配
以苹果矮化砧木为例，一般生长势弱的品种、早果性品种或短枝型品种，选用半矮化砧木；生长势强的品种选用矮化砧木。中国引进的M系和MM系矮化砧木与苹果主要栽培品种的搭配列于下表。
这种选配方法，受前述各方面因素的影响，表现有所差异，可根据具体情况，作适当地调整，实现砧、穗组合区域化。