会计师事务所是具有注册会计师资格的会计师依法设立并承办注册会计师业务的机构。注册会计师执行业务，必须加入会计师事务所，主要承办有关企业的财务审计、会计、咨询、税务等方面的业务，在我国可分类为有限责任公司、合伙制两种形式。
审计局是地方行政单位，是国家公务员编制。审计局主要负责地方政府部门和所有企事业单位的审计监督工作。审计局的审计主要包括：市政府部门的财政金融的审计、行政事业的审计、经贸审计、固定资产投资的审计、农业资源与环境的审计、各级干部的审计等。
会计师事务所出具的主要是企业财务审计报告，前提是要有两名具有执业资格的中国注册会计师签字盖章确认，依据《注册会计师法》，由注册会计师承办业务，对企业提供的财务报表严格按照执业准则、规则确定的工作程序出具报告，会计师事务所出具的审计报告在社会经济活动中主要起到鉴证和服务作用。
审计局审计报告是依据《审计法》对国家部门和地方各级人民政府及各部门的财政收支，国有的金融机构和企事业组织的财务收支，以及其他依照本法规定应当接受审计的财政收支、财务收支实行的审计监督，审计局出具的审计报告具有强制性，国家必须按审计局出具的审计报告中提出的问题进行处理和整改。
总的来讲，会计师事务所出具的审计报告主要是受社会中小型企业的委托对其单位提供的财务报表进行审计，主要用于鉴证企业财务情况的，而审计局的审计是依法对国家行政部门和国有制企业进行财政审计，主要是为了向市人民政府和有关部门通报审计的情况，并提出和完善有关政策法规的建议。由此可见这两种审计报告性质不同，不能相互取代。