1、用途不同
脂肪烃一般都是石油及天然气的重要成分。C1～C5低碳脂肪烃为石油化工的基本原料，尤其是乙烯和丙烯和C4、C5共轭烯烃，在石油化工中应用最多、最广。
芳烃主要为苯、甲苯、二甲苯，其中苯、甲苯、二甲苯也被称为一级基本有机原料，主要用于生产尼龙、聚氨酯、醇酸树脂等合成材料。此外，还有许多小规模的用途，如生产杀虫剂、除草剂、医药和染料等。
2、定义不同
具有脂肪族化合物基本属性的碳氢化合物叫做脂肪烃。分子中碳原子间通过共价键连接形成链状的碳架，两端张开而不成环的烃，叫做开链烃，简称链烃。
芳香烃，通常指分子中含有苯环结构的碳氢化合物。是闭链类的一种。具有苯环基本结构，历史上早期发现的这类化合物多有芳香味道，所以称这些烃类物质为芳香烃，后来发现的不具有芳香味道的烃类也都统一沿用这种叫法。
3、物理性质不同
芳香烃不溶于水，但溶于有机溶剂，如乙醚、四氯化碳、石油醚等非极性溶剂。一般芳香烃均比水轻；沸点随相对分子质量升高而升高；熔点除与相对分子质量有关外，还与其结构有关，通常对位异构体由于分子对称，熔点较高。
脂肪烃的物理性质，例如沸点和熔点、相对密度等，随分子中碳原子数的递增而呈现出有规律变化，但密度都小于水，常温下的状态则由气态逐渐变成液态、固态。
参考资料来源：百度百科—脂肪烃
参考资料来源：百度百科—芳香烃
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