学校初名北洋医学堂,1894年由直隶总督北洋大臣李鸿章于天津创办,是中国近代第一所官办西医院校。辛亥革命后,1913年北洋医学堂更名直隶公立医学专门学校,并开始招收本科学生。1915年学校迁至保定。1937年7月7日抗日战争全面爆发,学校被迫停办。1946年1月复校招生。1949年4月更名为河北医学院。1958年学校由保定迁至石家庄。1995年,原河北医学院、河北中医学院、石家庄医学高等专科学校三校合并,改称河北医科大学。2013年河北中医学院恢复独立建制。
截至2021年4月,学校占地面积22.39万平方米,建筑面积36.12万平方米;全校系统共有教职工17000余人(含直属附属医院);学校有两个校区、五所直属附属医院,下设19个二级学院,28个本科专业;全日制在校生20980人,其中博士生、硕士生4542人,留学生421人。神经科学与行为科学、药理学与毒理学、临床医学3个学科进入ESI全球排名前1%。