在遇到车辆被雨水淹没的情况时，保险公司是否会进行赔偿，需具体情况具体分析。
若车辆已投保车损险，且在行驶途中因故障熄火被水淹没，保险公司会根据车辆的受损程度进行处理。如果车辆配备了涉水险，通常会负责修理或赔偿损失；如果没有涉水险，仅能赔偿除发动机之外的部分损失。这是由于发动机受损通常被视为人为操作失误，不在常规保险责任范围内。
然而，如果车辆在未行驶状态下被水侵入，车损险通常会提供全额的维修费用赔偿。但有一个重要的例外：如果车辆在进水后尝试强行启动，导致发动机损坏，这种情况在大多数情况下，保险公司将不会接受理赔申请。
因此，当车辆遭受水灾时，首要步骤是拍摄现场照片作为证据，并尽快联系保险公司报告事故并提出理赔申请。明确告知保险公司车辆的具体情况，以便得到准确的理赔结果。记住，每个保险公司可能都有其特定的政策，所以在处理此类问题时，理解保险条款至关重要。