对于科研爱好者们，我们深入探讨如何使用R语言下载TCGA数据，通过UCSC Xena Tools实现。在之前的文章中，我们已分享了无代码下载的方法，现在，我们将转向编程，通过R语言实现更高级的数据获取。
UCSC-Xena Tools是基于UCSC Xena平台的R包，它建立在XenaR包基础上，后者提供了简便的接口来获取包括GDC、TCGA、ICGC等众多数据库的标准化数据，尤其TCGA（hg19版本）的数据经过精心处理。但鉴于其四年未更新，UCSCXenaTools应运而生，提供了更强大的功能。
安装UCSCXenaTools非常简单，只需调用相应包。加载包后，你可以通过XenaHub()获取资源，通过参数筛选感兴趣的数据集。例如，指定hostName搜索TCGA相关数据，你会看到1629个选项，这时可以利用XenaFilter()进行筛选。
数据下载过程包括构建query对象，存放下载信息，然后调用XenaDownload()函数。数据默认保存在本地Xena_Data目录，如果数据已存在，XenaDownload()会提示无需重复下载。下载后，利用readr的read_tsv函数读取数据，临床信息会顺利导入R环境。
这仅仅是使用R语言下载TCGA数据的第一步，我们后续会分享更多编程下载方式。要想获取完整代码，请关注我们的公众号“百味科研芝士”，回复关键词“UCSC”即可获取R代码示例。下期再见，期待你的继续学习。