三个。
1、藤原京：
日本史上最初的大都城。位于日本奈良县橿原市高殿为中心，被大和三山，以三角形形式围着。占地东西2.1km，南北3.2km，藤原宫在其中央，占地东西约925m，南北约907m。南北共有12条大路，东西以"朱雀大路"为中心分为左右两京（各4坊）。
从飞鸟净御原迁都，到元明天皇迁都到平成京为止，持续16年。
2、平安京：
平安京是日本的京都的古称，平安京是日本在794年（延历13年）桓武天皇从旧都长冈京迁都後至1868年明治天皇迁都东京期间的首都，位于现在京都府京都市中心地区。
京都位于日本本州岛中西部，坐落在京都盆地北部，东距日本第一大湖琵琶湖仅5公里，东、西、北三面有丹波山地、比良山地和贵船山地环绕，市区随京都盆地向南面大阪湾敞开为巨型口袋形状，面积610平方公里，人口160多万。
3、东京：
位于日本关东平原中部，是面向东京湾的国际大都市，日本三大都市圈之一东京都市圈的中心城市。
“东京”狭义上指东京都、旧东京府或东京都区部（旧东京市），亦可泛指东京都市圈。
东京是江户幕府的所在地，江户在庆应4年7月（1868年9月）改名为东京。
扩展资料：
“东京”名字由来：
将江户改称为东京的想法，在江户时代后期经世家的佐藤信渊于文政6年（1823年）创作的《宇内混同秘策》中就已经出现了。
佐藤在书中记录了如下构想：为了让日本活跃于世界舞台，有必要将都城移到江户，并命名为东京，将大阪命名为西京，形成东京、西京、京都的三京。
大久保利通受到佐藤的影响，建议将江户改称为东京。
1868年9月（庆应4年（明治元年）7月），根据颁布的诏书《江戸ヲ称シテ东京ト为スノ诏书》，成立了管辖江户町奉行支配区域的东京府，由此，开始使用东京这个名称。
虽然有了东京这种表记方法，但是没有颁布关于读音的正式法令。虽然将“とうきやう”（吴音）作为正规读音使用，但是明治20年代前半时期由于残留着汉音的发音习惯，将其读作“とうけい”的也不在少数。
由于日刊报纸的发展使人们的信息得到广泛交流，在第1期的国定国语教科书中，将东京的读法表记为“トーキョー”，避免了混乱使用。
并且，关于汉字写法，到昭和初期为止，也有写成“东亰”的混乱用法。“亰”是“京”的异体字。使用“亰”字，是为了区别于中国的古代的东京（洛阳或开封等地），后来使用了同样的京字。
参考资料来源：百度百科_藤原京