付款是根据合同，不是根据施工许可证，如果你们签订了合同，到了合同约定的付款节点，不管有没有施工许可证甲方都要给钱。
当然如果你们闹事或者打官司，大家关系就闹僵了，以后合作就很难了。
所以一般是老板们去沟通，来一些停工罢工、不配合等轻微一点的威胁性措施（具体看情况了），再慢慢谈，看甲方的态度如何。
聚众闹事和打官司，是最不得已的手段
现在的地产不景气，甲方也不希望施工单位盖那么快，你盖完房子了，就要给你结算款，可是甲方卖不出房子，银行一屁股债，利息都够呛了，，，所以很可能是甲方故意不办理许可证，以此为借口故意拖工程进度。
追问甲方连保证金都不退给我们，半年多了，该采取什么措施