1、适用范围不同：
农产品进项税额核定扣除适用以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人。
计算扣除适用于其他纳税人直接从农业生产者处购进免税农产品的情形。
2、扣除率不同：
农产品进项税额核定扣除适用的扣除率是销售的产成品的税率，可以是16%，也可以是10%。
计算扣除适用于10%
3、计算的方法不同：
农产品进项税额核定扣除分为投入产出法、成本法、参照法。
投入产出法
当期允许抵扣农产品增值税进项税额＝当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/(1＋扣除率)
当期农产品耗用数量＝当期销售货物数量(不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量)×农产品单耗数量
成本法
当期允许抵扣农产品增值税进项税额＝当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/(1＋扣除率)
农产品耗用率＝上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本
参照法
新办的试点纳税人或者试点纳税人新增产品的，试点纳税人可参照所属行业或者生产结构相近的其他试点纳税人确定农产品单耗数量或者农产品耗用率。
计算扣除
进项税额=买价×10%
参考资料来源：百度百科—农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法
1、适用范围不同：农产品进项税额核定扣除适用以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人。计算扣除适用于其他纳税人直接从农业生产者处购进免税农产品的情形。
2、扣除率不同：农产品进项税额核定扣除适用的扣除率是销售的产成品的税率，可以是16%，也可以是10%。计算扣除适用于10%。
扩展资料
《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号发布，以下简称《试点实施办法》）规定的方法，核定出当期可抵扣的进项税额。
购进环节无论取得何种凭证，均以外购金额的价税合计数计入原材料成本。
也就是说，购进农产品取得专票或者海关进口增值税缴款书的，按照价税合计数计入原材料成本；取得销售发票或者收购发票的，按照买价计入原材料成本。
农产品的外购金额均不含买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用，这一点与存货会计准则的规定有所不同。
因此，纳税人从凭票扣除体系转换为核定扣除体系的，应自执行核定扣除办法之日起，将期初库存农产品以及库存半成品、产成品耗用的农产品增值税进项税额作转出处理，计入相关存货成本。
参考资料来源：百度百科—农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法
本回答被网友采纳与凭票扣除体系相比，核定扣除体系有以下四点特征：
一是，购进环节无论取得何种凭证，均以外购金额的价税合计数计入原材料成本。也就是说，购进农产品取得专票或者海关进口增值税缴款书的，按照价税合计数计入原材料成本；取得销售发票或者收购发票的，按照买价计入原材料成本。
农产品的外购金额均不含买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用，这一点与存货会计准则的规定有所不同。
因此，纳税人从凭票扣除体系转换为核定扣除体系的，应自执行核定扣除办法之日起，将期初库存农产品以及库存半成品、产成品耗用的农产品增值税进项税额作转出处理，计入相关存货成本。
二是，进项税额抵扣的时间后移至耗用或销售环节。也就是说，购进的农产品，用于生产经营的（无论是否构成货物实体），只有在耗用以后才可以核定进项税额；直接销售的，只有在本期销售实现后才可以核定进项税额。
因此，核定扣除体系下，农产品的进项税额和销项税额进本同步，其应纳税额的产生过程比较均衡，正常情况下，不会出现进项税额留抵的现象。
三是，扣除率和销售货物的适用税率基本一致，具体又可分为三种情况：
1、购进农产品用于生产货物的，也就是以农产品为原材料进行深加工后且构成货物实体的，扣除率为销售货物的适用税率，如生产食用植物油、饲料等货物销项税率和扣除率均为11%，生产其他货物销项税率和扣除率均为17%；
2、购进农产品直接销售的，也就是不加工直接对外销售，或者经初加工后仍属于《农业产品征税范围注释》范围的农产品再对外销售，不适用自产农产品免税政策，销项税率为11%，扣除率也为11%（2017年7月1日后，下同）；
3、购进农产品用于生产经营但不构成货物实体的，如用作包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等，扣除率取决于此类农产品产出对象的税率，产出对象为17%的货物，扣除率为13%；产出对象为11%的货物，扣除率为11%。
四是，纳税人当期进项税额核定扣除的金额取决于当期农产品扣税成本与扣除率两个因素，用公式表示为：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=农产品扣税成本×扣除率/(1＋扣除率)本回答被提问者采纳