微波炉是能起到消毒作用的。
微波炉有很好的消毒效果，可以在极短的时间内消灭大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和沙门氏菌等有害菌。凡可以放入微波炉的餐具、杯盏、奶瓶、毛巾、餐巾等用品，放入微波炉内加热就能实现消毒效果。
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用微波炉进行消毒的时候，由于家中物品的质地不同，消毒方法自然也就不同：
对餐具进行消毒时，最好把它浸泡在水里，或者在水中浸湿以后，用湿毛巾包裹住，再放入微波炉，这样才能充分达到消毒效果；
消毒奶瓶时，要将奶瓶中加入7分满的水，用保鲜膜包起，奶嘴则放在装有水的容器中，用小盘子压住以防止浮起，用微波炉加热1分钟左右就完成了；
利用微波炉消毒棉织品时，一定要先将它们浸湿，然后用保鲜膜包起来，放入微波炉中加热1分钟就可以了，既能提高消毒效果，又能防止棉织品烧焦。
参考资料来源：人民网—微波炉妙用多：消毒还能除异味
微波炉可以起到杀菌、消毒的作用。
微波炉具有很明显的杀灭细菌、病毒的作用。它主要是利用微波炉的生物效应即生物体在微波炉电磁场作用下所出现的各种生物学、生理学的影响效应，使物品在低于常温的情况下，在较短的时间内达到消毒、杀菌的目的。
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微波消毒法：把毛巾浸湿后放入保鲜盒，然后微波炉中用高火烘3到5分钟，可以有效利用高温杀死细菌和微生物。
消毒效果
微波消毒菌谱广，可杀灭各种微生物，早在 40年代即有人用于酒的消毒，在国外早有研究发现，微波照射 1min可杀灭玻璃安瓿中各种细菌繁殖体，包括真菌，但对巨大杆菌芽孢照射 2min，其杀灭率可达 99.90%。
据 Kohrer研究证明，对污染有细菌，真菌，脊髓灰质炎病毒，疱疹病毒Ⅰ型的假牙，牙托，牙钻，用 600W微波照射 5min，可将污染微生物全部杀灭。照射 8min可杀灭芽孢。照射 3min可将 HBsAg抗原性全部破坏。
国内研究证明,采用某型号快速消毒器，经过 5-15min照射可将金属表面上及其他物体表面上细菌芽孢全部杀灭。同时发现，类炭疽杆菌芽孢，炭疽杆菌芽孢，蜡状杆菌芽孢，嗜热脂肪杆菌芽孢和枯草杆菌黑色变种芽孢等对微波的抗力较强。
另有报道,采用频率为 2450±50MHz，输出功率为 700W的微波炉，对污染不同微生物的试验滤纸进行微波照射，1min使细菌繁殖体（大肠杆菌，金黄色葡萄球菌）杀灭率达 99.87%以上，鼠伤寒沙门氏菌。
微波照射 20min可使枯草杆菌黑色变种芽孢,嗜热脂肪杆菌芽孢杀灭，对HBsAg照射 3min可全部破坏其抗原性。
参考资料来源：人民网-毛巾三个月不换有多脏？你可能真的不会使用毛巾
参考资料来源：百度百科-微波消毒
微波炉是可以消毒的，可以对毛巾消毒。
由于微生物细胞液吸收微波的能力优于周围的其它介质，因此在微波电磁场中的细胞将迅速破裂而导致菌体细胞死亡,微波炉可以达很高的温度足以杀死大量的微生物。
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清洁维护
1、每次用毕，用湿毛巾将炉的内壁及转盘抹净，再用干毛巾抹去所有水分，并将炉门打开片刻以通风散热。抹干净门缝及门铰，切勿遗留新物引致炉门不能开关而泄漏辐射。LG微波炉MH6343SDR内胆表面采用了高凝聚喷粉&耐高温的涂层材料。微波反射能力强，高温稳定不易渗透；提高能效利用率，表面清洁更省心。测试结果显示，这种易清洁涂层污渍去除效果约为普通涂层的10倍。
2、如炉内有异味，可置一杯水入炉内，加一汤匙柠檬汁或白醋，大火热2至3分钟，移去杯子再拭净，异味便会消除。
3、炉的外壁要时加清洁，以除去因日常烹调而引起的油污，以免减低微波炉的效能。
4、炉内应经常保持清洁。在断开电源后，使用湿布与中性洗涤剂擦拭，不要冲洗，勿让水流入炉内电器中。
清洁微波炉内腔时，切勿遗漏位置于内腔右侧那块黄色长方形的云母片，它的好坏直接影响着微波炉功能和使用寿命。如果云母片被严重污染甚至击穿，还可能会引发电路短路导致各种危险。
参考资料:百度百科-微波炉