分为三话。
1、第一话《樱花抄》描述贵树与明里年幼时恋爱的心情，以及他们重逢的一天；
远野贵树因为父母调职而转校来到东京的小学。一年后，篠原明里也转校来到同一班级。两人因体弱多病，不擅长运动，而喜欢独自待在图书馆。
虽然年纪还小，可是两人还是互相吸引，对方在自己心中的存在渐渐变得无法取代。但是，两人亲密的世界因明里再度转校而悲哀地告终。之后，贵树一直努力地适应没有明里的世界。
但在中学一年级的夏天，贵树收到明里写给他的信时，感情一下子再度涌现。他们开始通信，并再次得到能够互相传达心意的幸福。那年冬天，贵树要转校去一个遥远的地方。
比现在分开得更远，可能再也不能见面。于是两人在信中约定：在放学后贵树乘电车到明里身处的栃木县岩舟车站，会合时间是晚上七时。
1995年3月4日，从早上开始下着寒冷的雨，中午时雨又变成了雪。放学后，贵树按约定乘坐电车前往岩舟车站。因下雪的缘故电车发生了晚点与停运，导致贵树错过了约定的时间，但在到达岩舟车站候车室时发现明里依然在等着他。
候车室内贵树吃过明里做的茶点，其后与明里一同前往其信中所提到的樱花树，并在树下交换了初吻。那天晚上，两人在田边的仓库休息了一晚。次日，贵树乘坐早上的第一班电车和明里告别了。
2、第二话《宇航员》描述以对进入高中就读的贵树怀有好感的澄田花苗的视角来展现贵树与明里分别后的生活；
中学二年级的第一天，澄田花苗看到从东京转校过来的远野贵树时，就已经喜欢上他。无论上课时还是放学后，甚至带狗在海边散步时，花苗都会在视线的一角寻找他的身影。
为了和贵树在同一所高中而拼命温习，虽然合格了但还是没有向他告白的勇气，一直都暗恋着贵树。1999年，高中三年级的夏天，不但受姐姐影响而在高中开始的滑浪陷入了低潮，而且也决定不了毕业后的出路。
虽然花苗对贵树的思念愈来愈强烈，但只是为了装作偶然遇上而一起回家。在高中生活只剩下半年时，感到焦急的花苗做了一个决定：能够在滑浪时再次站起来，就向贵树表白。
为此，花苗努力练习滑浪，成功地在滑浪时再次站起来。某日放学后，花苗打算向贵树告白，却发现贵树的心里并没有她，而忍住了告白，但依然喜欢着贵树。
高中毕业后，贵树考取东京的大学。在其离开种子岛时，花苗前往机场目送贵树乘坐飞往东京的班机。
3、第三话《秒速5厘米》则刻画了贵树和明里长大后内心的种种彷徨。
2007年的东京，远野贵树在从事系统工程师的工作，过着忙碌的日子。出来社会工作后，季节和季节、年和年之间的区分变得暧昧起来，不知不觉就过了数年。
那年年尾，贵树和交往了3年的水野理纱分手了。2008年，贵树在春天来临前辞职了。他既觉得有无数的理由要他这样做，同时又觉得能令自己接受的理由其实一个也没有。
不久空气慢慢变得暖和，樱花的季节也到访东京。在一个恬静的平日，中午过后，贵树披上薄外套，走在街上。经过铁道时，与迎面而来的女子擦肩而过的瞬间，猛然想起了多年未见的明里。
在通过铁道缓缓转过身，两人目光交错，就在心与记忆即将沸腾的瞬间，却被疾驰而过的小田急线列车挡住了视线。
而在电车通过时贵树就已在心中下了决定，待电车通过后发现女子早已离去时微微一笑转过身去。
幕后制作：
2005年6月，在《云之彼端，约定的地方》的DVD推出后新海诚开始执笔写散文小说，写了10篇登场人物和主题不同的短篇故事。
之后以散文小说为基础写剧本，再把剧本画出分镜。后来考虑到剧情、观众等因素后，决定从最初计划的10篇中精选3篇世界观有所联系，并将它们融合成一部作品。
结果这个所谓连续短篇的形式就作为最初构想的遗产，而被保留下来。
作品以一个少年为故事轴心而展开连续3个独立故事的动画短篇，时代背景是从1990年代至现代的日本，通过少年的人生展现东京以及其他地区的变迁。
第一话《樱花抄》描述贵树与明里年幼时恋爱的心情，以及他们重逢的一天；
第二话《宇航员》描述以对进入高中就读的贵树怀有好感的澄田花苗的视角来展现贵树与明里分别后的生活；
第三话《秒速5厘米》则刻画了贵树和明里长大后内心的种种彷徨。
人物介绍：
1、远野贵树
因父母的工作关系而从长野转学到东京某小学三年级，小学四年级时认识了转学到班上的明里，并很快成为好朋友。在相处中逐渐喜欢上明里，都决定报考同一所中学。小学毕业后因明里搬家的缘故，而不能与明里在同一所中学。
2、篠原明里
因父母的工作关系而从静冈转学到东京某小学四年级，认识了同班的贵树，并很快成为好朋友。在相处中逐渐喜欢上贵树，都决定报考同一所中学。因为父母的工作关系，在小学毕业后搬家到栃木。过了半年，中学一年级的她开始寄信给贵树，而以每月一封的次数与贵树互相通信。
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