如果您选择申报方式为“通过扣缴义务人申报”，单位可以使用扣缴端软件，获取您填写的专项附加扣除信息，按月计算应预扣预缴税款后，向税务机关办理全员全额纳税申报。在这种方式下，您可以在预扣预缴期间享受扣除。如果您未能及时报送，也可在以后月份补报，由单位在当年剩余月份发放工资时补扣，不影响您享受专项附加扣除。
如果您选择申报方式为“综合所得年度自行申报”的，纳税人直接向税务机关提交信息，扣缴单位无法获取到纳税人的专项附加扣除信息。在这种方式下，纳税人在年度汇算清缴时才能享受扣除并办理退税。
需要提醒的是，如果选择在单位按月享受专项附加扣除政策，是不包括大病医疗扣除的。大病医疗支出第二年度3月1日到6月30日汇算清缴时再扣除。
据了解，在个人所得税APP上申报专项附加扣除，需要选择申报方式。
具体的个人所得税申报方式可以分为两种：
1、通过扣缴义务人申报
2、综合所得年度自行申报
51个税提醒，通过扣缴义务人申报的，扣缴义务人为您办理个人所得税预扣预缴申报时，需事先下载您本次提交的专项附加扣除信息。
综合所得年度自行申报的，本次提交的专项附加扣除信息可在综合所得年度自行申报中进行税前扣除。
【相关政策】
根据《国家税务总局关于发布的公告》（2018年第60号）：
第十九条纳税人可以通过远程办税端、电子或者纸质报表等方式，向扣缴义务人或者主管税务机关报送个人专项附加扣除信息。
第二十条纳税人选择纳税年度内由扣缴义务人办理专项附加扣除的，按下列规定办理：
（一）纳税人通过远程办税端选择扣缴义务人并报送专项附加扣除信息的，扣缴义务人根据接收的扣除信息办理扣除。
（二）纳税人通过填写电子或者纸质《扣除信息表》直接报送扣缴义务人的，扣缴义务人将相关信息导入或者录入扣缴端软件，并在次月办理扣缴申报时提交给主管税务机关。
《扣除信息表》应当一式两份，纳税人和扣缴义务人签字（章）后分别留存备查。
第二十一条纳税人选择年度终了后办理汇算清缴申报时享受专项附加扣除的，既可以通过远程办税端报送专项附加扣除信息，也可以将电子或者纸质《扣除信息表》（一式两份）报送给汇缴地主管税务机关。
报送电子《扣除信息表》的，主管税务机关受理打印，交由纳税人签字后，一份由纳税人留存备查，一份由税务机关留存；报送纸质《扣除信息表》的，纳税人签字确认、主管税务机关受理签章后，一份退还纳税人留存备查，一份由税务机关留存。
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