摩托车被盗后可以在报警90天以后，派出所会出具机动车被盗证明。
然后拿着证明和身份证直接去车辆管理所申请注销登记就可以。
或者车主直接拿行驶证去车管所挂失销户就可以了。
摩托车注销流程：
1、机动车所有人在办理业务前应先将涉及机动车的交通安全违法行为和交通事故处理完毕;
2、业务受理窗口：审查资料 交回《机动车登记证书》、《机动车行驶证》、《机动车号牌》。
注销时限：
1、自受理之日起1个工作日内，到业务受理窗口领取《机动车注销证明》;
2、因机动车质量问题退车的：领取机动车来历证明、合格证或者进口凭证、车辆购置税的完税证明或者免税凭证、机动车交通事故责任强制保险凭证。
被盗摩托车不注销的后果：
1、如果这辆车发生交通事故，且逃逸，责任就会追究你 。
2、被盗车不正常年审 你名下其他机动车年审会被卡 包括新车上牌