从运动科学角度来说的话，比较适合跑步的时间，是下午。但结合具体情况，只能说跑步没有绝对最佳的时间，有的只是最适合的时间。每个人有自己的生活习惯和作息，也要兼顾家庭生活学习工作等，能坚持跑步（的习惯）要比刻意选最佳时间跑步更重要。晨跑和夜跑的区别还是非常大的。一方面外界环境确实存在差异，另一方面个人身体状态也会有不同。
晨跑将会释放相对于其他时间运动比较多的内啡肽，能够缓解压力，增强愉悦感，感到快乐，享受只属于自己的独处时光。一项针对高血压前期人群的研究证明，在上午7点进行运动时，白天血压下降10％，夜间血压下降25％，说明晨跑对高血压人群较为友好，有较为显著降低血压的效果。身体机能都处于一个较为糟糕的状态——人体体温较低造成肌肉僵硬，意味着在跑步时需要注意身体的肌肉控制和协调能力控制，也因此在晨跑前更加有必要进行一个动态热身，来减少晨跑时受伤的风险。其次，身体在经过了一夜的运作后，如果空腹晨跑容易诱发低血糖和脱水的情况发生，所以在晨跑前适当补充能量和水分，防止意外发生。由于早晨起来，心率会降到一天最低的静息心率，开启晨跑会让心率变异幅度达到最大，这对心脏产生了很重的负担，心脏及心血管不好跑者建议避开这个时段跑步。在夜晚的身体拥有了最适合锻炼的体温，柔韧性、肌肉力量、心肺功能到达到了一天中最佳状态。夜晚人体拥有较高的体温，当体温在适宜范围内增加时，神经传导速度提高，拥有更快的反应能力，同时肌肉及肌腱的柔韧性和收缩性提高，这大大减少了身体受伤的风险。
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