加盟店与连锁店的主要区别：
1、产权关系不同。加盟连锁（特许连锁）是独立主体之间的合同关系，各个特许加盟店的资本是相互独立的，与总部之间没有资产纽带；而直营连锁店都属于同一资本所有，各个连锁店由总部所有并直接运营、集中管理。这是加盟连锁与直营连锁最本质的区别。特许经营总部由于利用他人的资金迅速扩大产品的市场占有率，所需资金较少。相比之下，直营连锁的发展更易受到资金和人员的限制。
2、法律关系不同。加盟连锁（特许连锁）中特许人（总部）和被特许人（加盟店）之间的关系是合同关系，双方通过订立特许经营合同建立起关系，并通过合同明确各自的权利和义务。而直营连锁中总部与分店之间的关系则由内部管理制度进行调整。
3、管理模式不同。加盟连锁（特许连锁）的核心是特许经营权的转让，特许人（总部）是转让方，被特许人（加盟店）是接受方，特许经营体系是通过特许者与被特许者签订特许经营合同形成的。各个加盟店的人事和财务关系相互独立，特许人无权进行干涉。而在直营连锁经营中，总部对各分店拥有所有权，对分店经营中的各项具体事务均有决定权，分店经理作为总部的一名雇员，完全按总部意志行事。
4、涉及的经营领域不完全相同。直营连锁的范围一般限于商业和服务业，而加盟连锁（特许连锁）的范围则宽广得多，除商业、零售业、服务业、餐饮业、制造业、高科技信息产业等领域。
通俗一点可以这样理解：
连锁分为两种：
一种为自营连锁： 唯一法人，所有分店都为自己投资建设，统一采购，统一配送、统一标识、统一营销策略、统一价格、统一核算。
另一种为加盟连锁：唯一的商标持有人，加盟者向持有人缴纳一部分品牌使用费，并按照持有人规范使用店的标志、色彩、形象等规范来建设新店。每店为独立法人。
连锁店包括加盟店，加盟店又称连锁加盟店，是连锁的一种形式;
连锁店,即是与总部的经营思路一致象肯德基那样的分店。
加盟店是店主做老板从总部进货自主盈亏的那种店。
连锁店是一个店发达了，又开了一堆店 ，加盟店是一个店发达了，想开连锁但又怕麻烦，就请别人来加盟，合作共赢。
标准连锁模式具有资产统一化的特征，即每一家连锁分店的所有权都属于同一体，归一个公司、一个联合组织。标准连锁实行总公司统一核算，各连锁店只是一个分设销售机构，销售利润全部由总公司支配。各连锁店不仅店名、店貌完全统一，经营管理的决策权都高度集中在公司总部，总部为每个连锁店提供全方位的服务，以保证公司的整体优势。
2、自愿连锁模式
自愿连锁是自发性连锁或任意性连锁，因此自愿连锁也可称为“自由连锁”、“志同连锁”等。自愿连锁实际上是一种横向发展的合约系统。
3、特许连锁模式
特许连锁又称合同连锁、加盟连锁。特许连锁是指主导企业把自己开发的产品、服务和营业系统(包括商标、商号、企业象征的使用，经营技术、营业场合或区域等)，以营业合同的形式，授予加盟店在规定区域内的经销权和营业权。加盟店则交纳一定的营业权使用费，并承担规定的义务。