水利工程监理单位需要先向当地工商部门进行营业执照申请办理，完成营业执照办理后， 再向当地住建部门进行水利工程监理资质证书申请办理。
办理营业执照的流程：
1、准备5-10个公司名称；
2、确定公司注册地址、注册资金和经营范围等；
3、到工商局办理公司名称核名；
4、携带所有证件、申请资料到工商局申请营业执照；
5、到公安局备案的刻章点刻制公司印章；
6、到税务部门登记备案，到银行开立基本户。
办理水利工程监理资质需要的材料有：
1、《工程监理单位资质申请表》一式三份（通过企业身份验证锁在广西建设网企业资质管理系统进行网上申报后下载打印；
2、企业法人营业执照副本；
3、企业章程
4、企业法定代表人的身份证、工作简历及任命（聘用）文件；
5、企业技术负责人的身份证明、工作简历、任命(聘用)文件、毕业证书、相关专业学历证书、职称证书和加盖执业印章的《中华人民共和国注册监理工程师注册执业证书》等复印件；
6、注册执业人员的身份证、加盖执业印章的注册执业证书；
7、企业质量管理体系，技术和档案管理制度的证明材料；
8、工程试验检测设备的购置清单（按申请表要求填写）。