在敏西迪亚城地下室，众人发现了一个女神像。根据古代之书的提示，将白假面带在了她的头上。但似乎什么事都没有发生....
通过消息打探，众人得知黑假面就在南方的一个小岛上，乘船找寻了半天终于找到了那个孤僻的小岛（15），而岛上有一个山洞........洞窟中长满了藤蔓，很容易迷路，好不容易到地下三层，居然发现了生活在这里的假面族人。从他们的话语中得知黑假面是他们族的宝物，就藏在洞窟深处...... 走过森林般蔓草繁盛的通道，来到有泉水涌出的地下五层，在一间房中发现了一个宝箱，但不可避免得与守护兽巨角野羊（ビツグホーン Big Horn）交手。将其击败后就可以得到黑假面......
来到敏西迪亚洞窟（16），找寻那开启敏西迪亚塔入口的晶体杆。在地下一层的房间前，却有人挡住了去路。这就是和自己长得一模一样的自我双重幻象。由于已经将白假面戴在了女神像上，此时只要将黑假面戴在黑幻象脸上，它就立刻消失了......洞窟中房间众多，在反复的寻找中来到了地下五层，于一间屋内的三宝箱中，发现了关键物品——晶体杆。
目标——究极术。地点——敏西迪亚塔（18）..........
（五）
在敏西迪亚得到晶体杆之后，众人坐船径直往敏西迪亚塔驶去......
敏西迪亚踏位于一个环形海湾的一个中间海岛上。但船行至海湾口时，只听得隆隆的轰鸣声由远及近传来......
“那是什么？！”
船内的人慌做一团，只见一波巨大的海浪席卷而来。顷刻间，那一页孤舟被无情的大海啸吞没了.......
......
“这是哪里？......”斐里奥尼鲁悠悠醒转，“蕾拉呢？！”卡伊和玛利亚都在，惟独不见了蕾拉......四周充满了血腥味，看上去象是在某种动物的体内......
三人只好沿途找寻着蕾拉。在深处居然发现这有居民居住着。斐里奥尼鲁询问了一个老者，得到的回答居然是：“我们都在海龙王利维亚特的胃里。”再向一些人打听才知道这里的居民都是被利维亚特吞食的，时间长了之后居然在这里建立起了一个属于遇难者自己的家园。而利维亚特本身也是保护封印的怪兽。
在那些居民中，三人碰到了一个奇怪穿着的人，交谈之下居然十分的投缘，当三人和他谈论到飞龙和敏西迪亚，那人眼中顿时一亮。
“你们怎么会知道这些事？！”
“我们刚从敏西迪亚来啊。”
“飞龙已经灭绝了，这是许多人都知道的......”他的眼神暗淡了下来。
斐里奥尼鲁从怀中拿出了水晶杆：“这个你认识吗？”
“噢，你是为了寻找究极术吗？要从这里出去只有一条路，但有个怪兽阻挡着。我想我能帮助你们吧.....啊！我的礼节到那里去了。我的名字叫理查得（Richard リチャード），是龙骑士一族的。”
玛利亚心道：“一个龙骑士......？我怀疑他是不是知道其他人都已经......”
龙骑士理查得加入了队伍！
顺着理查得的指引，众人找到了一条船，但一个蓝毒毛毛虫挡在船前。众人奋力将其消灭后得到了这唯一的一艘船。
乘船从利维亚特海龙体内的一个缝隙中逃离，终于回到了平静的海面。众人放心不下蕾拉，回到了菲因城。在大殿上大家欣慰得看到了安然无恙的蕾拉，互相问候之后应理查得的要求来到了迪斯特。
城中那对母子还在......
母亲：“理查得！”
理查得：“爱丽娜！其他人在哪里？他们是不是......”
爱丽娜：“是的.......每个人都......”
理查得：“我明白了......爱丽娜，你必须坚强。我答应你，但和平降临的时候，我会为了你而回来的。和你的儿子一起等待那天吧！”
孩子：“你是个龙骑士？”
理查得：“是的......我是你父亲的一个朋友。如果我打败了帝国，我或许能成为你的父亲......”
孩子：“我不明白你的意思，但.....好吧！请杀了皇帝！”
......
离开了迪斯特，理查得的情绪非常激动，发誓为了消灭皇帝不惜牺牲一切。于是众人乘船再次向迪斯特塔进发。
次此途径那海湾没有再遇到利维亚特的袭击。顺利得来到塔前。突然，斐里奥尼鲁身上的晶体杆与敏西迪亚塔发生强烈的共鸣，一道火焰从塔顶直刺云霄，高塔的入口开启了......
敏西迪亚塔内处处潜伏着凶狠的怪兽，在第三层有火巨人兽守护，第五层为冰巨人兽，第七层为电巨人兽。过了这三道关卡之后，终于来到了最顶层——10层楼面！
“敏武！”众人居然看到了“失踪”已久的敏武。
敏武：“我正在这里等你们，前面的这道门用魔法力封印住了，我要尽我所有的力量将其打开，往后退点.......”
四人退到一旁，只见敏武将全身的法力化做一道白光击向那到禁闭的大门......门开了，但敏武也随即瘫倒在地上......
玛利亚：“敏武！你还好吧！？”
敏武：“我感到好累......我需要......躺一会儿......”
斐里奥尼鲁：“敏武！”
......
但敏武安然地合上了眼睛，离开了人世......
在那以敏武以生命为代价打开的红色大门内，众人得到了寻觅以久的记录最终魔法的——究极之书。
再次回到敏西迪亚，众人听到了惊人的消息——帝国制造出了龙卷风，正在攻击北方国家。
马不停蹄地回到阿鲁迪亚镇，众人面对的是一堆废墟和无数的死者.......这，这是怎么回事？北上菲因城，所到之处一片狼籍......显然是被一股巨大力量给摧毁了.......那菲因城呢？......
（六）
回到菲因城，看到城堡安然无恙，众人终于放下了心。但他们可以看见龙卷风正向这里卷来，情况危机万分。
姬蕾妲：“皇帝制造了一个龙卷风，它正向我们扑来！而皇帝本人正藏身于龙卷风的风眼里。”
哥顿：“即使我们现在有了究极术，但已经没有指望了......或许......只有到龙卷风中消灭皇帝......”
但如何才能进入那巨大的龙卷风......有人提议用飞龙飞入其中，但飞龙已经灭绝了呀......众人自然而然地想到了那最后一棵飞龙蛋，以及曾经在城中镜子大厅看到过的情景......
再次来到镜子大厅，对着镜子使用那根项链，镜中浮现出迪斯特洞窟泉水的图象，而那个飞龙蛋，居然于那时破壳了，一个可爱的小飞龙从中飞出......不多时，它受到了项链的指引来到了镜子大厅......
龙骑士理查得控制着飞龙，在龙卷风附近盘旋了几圈后猛然冲入到风眼之中。龙卷风中居然没有什么狂风，只是不断有怪兽上前阻挠。走到最深处发现皇帝端坐在宝座上。
“傻瓜们，不要浪费我的时间了。卫兵！”
两个卫兵冲了上来，四人没费多大的力就将其消灭。
“啊，你们看起来比我想象中要强大，试试这个！”
又一队人冲了过来......
“这样，看起来我好象低估了你们。来吧，让我们玩玩！”
皇帝亲自出手了。众人使出浑身解数终于将其打倒。
“我......我是不会死的......”
皇帝的躯体渐渐地消失在了空气中......
“让我们回菲因城吧！”斐里奥尼鲁兴奋地说道。
菲因城。洋溢着一片喜庆之气。
姬蕾妲：“多谢你们了。和平又会到了这片土地。多亏你们了！让我们开一个舞会吧！”
......
舞会上，一个尖利的叫声冲破这个愉悦的氛围。
“紧急情况......！”一个受伤的士兵冲了进来，“黑骑士接管了帝国，成为了新的皇帝！还有更多的......原来黑骑士就是......雷恩哈特（Lionhart レオンハルト）！......啊......”由于流血过多，那士兵倒地身亡了。
“......我不敢相信......雷恩哈特？我差不多要把他给忘了！”
姬蕾妲：“雷恩哈特是黑骑士？他曾经是你们的同伴啊！”
玛利亚：“一定是皇帝用黑魔法控制了他。”玛利亚不敢相信自己的哥哥真的会做出那样的事来。
姬蕾妲：“是的，那可能是真的......他现在应该在帕拉美奇亚城（Paramekia Castle バラメキアじょう）。你们去看看你们能做些什么吧......”
哥顿：“雷恩哈特是玛利亚的哥哥吗？你们将怎么做？”
卡伊：“不用担心。我们会做我们所应该做的。”
哥顿：“......我就知道你会那么说。”
由于帕拉美奇亚城四周环山，步行不能进入，众人便再次来到神偷波尔的家想打探些情报。在那里居然碰到了阔别以久的施德。
波尔：“施德看上去情况很不好......”
施德从里间迎了出来。
施德：“龙卷风也将我吸了进去......我在那里受的伤很重......噢......”
他支撑不住，回到了床上，众人跟了进去。
卡伊：“施德，你没事吧？”
施德：“我是个垂死之人了......照顾好我的飞空艇......我需要象你们这么好的人来好好对她......咳咳......”
不多时，施德就离开了人世......
房间外。
波尔：“那就是施德的心愿。你们明白吗？他死了......当他知道他将不久于人世，他就决定要把飞空艇交给你们。那可是他耗尽毕生心血的杰作......”
乘船来到波夫特镇，发现飞空艇完好无损地停在镇外。
利用施德用生命换回的飞空艇，众人顺利地从帕拉美奇亚城的上方落入城中。在这个大混乱城内寻找着通向城顶的道路。在第七层中看到了坐在王位上的黑骑士，不，应该是雷恩哈特！
“我想你会来的，斐里奥尼鲁......”雷恩哈特狂笑着，“不管怎么说，我现在是皇帝了。要么向我下跪，要么就被毁灭！”
他站起了身，步步向众人逼了过来。
“等等！”玛利亚冲了出来，站到了雷恩哈特面前。
“哥哥，为什么你要和我们战斗？”
“你知道现在是谁在统治这这个世界吗？没有人！只有权利！我是皇帝！我不会让到手的权利从我手中溜走。不要挡我的路！”
双方之间的战斗一触即发，正在此时——
“哈哈哈哈......”
一阵阴狠的笑声从雷恩哈特身后传来。他转身一看，居然有个和已经被消灭的皇帝长得一模一样的人坐的王座上。
“你不是皇帝！你这个妖怪！我不会让你拥有这个帝国的！它是我的！”雷恩哈特气急败坏地想要扑上去。但只见那皇帝把手一挥，许多黑色的火焰将众人围在中间。看来这竟然是真正的皇帝，他居然复活了！
皇帝：“帝国？呵，我对这种小孩子的游戏不感兴趣。我只想把这个世界变成一个活地狱。我想我将从你开始......”
皇帝逼了上来。
危急时刻，理查得召唤来了飞龙。
“所有人都到飞龙上去！”
斐里奥尼鲁：“......理查得？”
理查得等众人爬上龙背后，一声呼啸，飞龙腾空而起。而理查得取出龙骑士枪，向皇帝冲了过去......
“理查得！不！！”玛利亚坐在飞龙身上，眼睁睁看着理查得走向死亡......
飞龙刚刚离开帕拉美奇亚城，身后就传来了爆炸声。降落在安全区，就见帕拉美奇亚城在轰鸣声中沉陷了下去......
菲因城大殿。
姬蕾妲：“斐里奥尼鲁！这是......黑色骑士？发生什么事了？”
斐里奥尼鲁：“皇帝从死亡的地狱复活了......”
玛利亚：“理查得......为了救我们......”
姬蕾妲：“......”
斐里奥尼鲁：“雷恩哈特！让我们在一起战斗吧！公主！请允许他加入反抗军！”
姬蕾妲看看了看在一旁沉默的雷恩哈特，迟疑了一下，但最终还是说道：“好吧，那你就带领他吧。”
雷恩哈特依旧背对着众人沉默着......
玛利亚苦苦地劝着哥哥......良久之后，雷恩哈特终于转过了身......“我明白了了，玛利亚。”
雷恩哈特加入队伍！
姬蕾妲：“大混乱城是一个古代的恶魔之城，而现在被复活皇帝重建了。传说进入这个恶魔之地的唯一途径是通过死亡大道的入口。敏西迪亚的魔道士们或许会知道更多的。那入口应该在敏西迪亚东边狭长海岸线附近。”
大决战越来越近了......众人先回迪斯特城给那对母子带去了理查得的噩耗......再到敏西迪亚村向那些魔道士们打探关于大混乱城的一些消息。补充好所需之物后就可以出发了......
死亡大道的入口就是敏西迪亚以北的那泓泉水（D）。里面是走不完的迷宫和打不完的怪兽。千辛万苦，来到了大混乱城的入口。“这里是通向地狱的道路。”一块路牌上的文字赫然在目。通过一个跳关地带来到了大混乱城，和皇帝的最终决战越来越近了......
在一片暗无的空间.....皇帝正在那里静候着。
“你们最后还是到了这里。准备你们一生中最后的战斗吧！”
究极状态的皇帝异常强大，但邪恶的归宿终将是灭亡........
（尾声）
“我......我被击败了两次......怎么会呢......啊~~~~~”
随着皇帝尖利的惨叫，万恶之首终于永远地被埋葬在了地狱之中......
菲因城大殿。其他人都守候在那里。
波尔：“你们终于回来了......我真是非常感动！”
蕾拉：“海盗的生活真是不错，我想我还是去当我的海盗吧。你随时可以让我回来！”
妮莉：“祝贺你们！我爸爸在天堂一定会很高兴的！”
众人眼前仿佛看到了在雪原洞窟拼死抵住巨石的约瑟夫。
姬蕾妲：“我们将重建整个世界。我们告别吧！”
卡伊：“看上去所有的事都结束了......”
斐里奥尼鲁：“那么接下去......”
玛利亚：“让我们一起生活吧！”
斐里奥尼鲁看看雷恩哈特：“......”
玛利亚：“哥哥？”
雷恩哈特：“我们现在彼此都了解得太多了.....一切都不可能再回到从前那样了......”
雷恩哈特一个人默默得走向了大门。
玛利亚：“雷恩哈特......！为什么？......等等！斐里奥尼鲁，请拦住他！”
斐里奥尼鲁：“他是对的......我不能阻拦他......雷恩哈特......将来总有一天......我发誓......”
雷恩哈特离开了......斐里奥尼鲁、卡伊、玛利亚也向大门走去。他们感到身后有人在为他们送行......是施德、敏武、理查得和约瑟夫.....？
“走吧，这个世界还需要我们！”
三人有踏上了新的征程......
......就这样，残酷战争终于结束了。那段艰苦的岁月或许会被遗忘，但人们将铭记着拯救这个世界的人们......而对这四个人来说，他们之间的友情将永远不会被忘却。
话说FF2可操作人物死亡数量是全系列最高的
