民族区域自治制度和特别行政区制度的区别如下：
1、可转换公司债券不同
对于可转换公司债券，计算民族区域自治制度时，分子的调整项目为可转换公司债券当期已确认为费用的利息等的税后影响额；
而特别行政区制度分母的调整项目为假定可转换公司债券当期期初或发行日转换为普通股的股数加权平均数。
2、认股权证和股份期权不同
民族区域自治制度等的行权价格低于当期普通股平均市场价格时，应当考虑其稀释性。 计算基本每股收益，作为分子的净利润金额不变；
而特别行政区制度分母的调整项目为按照本准则第十条中规定的公式所计算的增加的普通股股数，同时还应考虑时间权数。 当期发行认股权证或股份期权的，普通股平均市场价格应当自认股权证或股份期权的发行日起计算。
3、开发票时填写的信息不同
民族区域自治制度需要在申报的“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的统一社会信用代码。购买方为企业的凭证，索取申报时，应向销售方提供统一社会信用代码。
而特别行政区制度为其提供开小规模纳税人时，应在“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的纳税人识别号，不符合规定的发票，不得作为税收凭证。
特别行政区制度是具有唯一性的，只要税务发票系统里面查到了这家企业的发票代码不同，就可以查询到这家企业的进销项发票情况，也就可以知道企业是否虚开发票了。
参考资料来源：百度百科-民族区域自治制度
我国第一个民族自治区是在1947年成立的内蒙古自治区，然后在1949年新中国成立前夕制定的《中国人民政治协商会议共同纲领》中，正式确定我国实行民族区域自治制度。截至1998年，我国在少数民族聚居地方先后共建立了5个自治区、30个自治洲、120个自治县。全国有44个少数民族建立了自治地方，在少数民族杂散居住地区还建立了1200多个民族乡；而特别行政区的建设较晚，1990年4月和1993年3月制定的香港、澳门特别行政区基本法确定了特别行政区制度。1997年7月1日和1999年12月20日，我国对香港、澳门恢复行使主权，建立了香港、澳门特别行政区，将来台湾与大陆和平统一后也将建立特别行政区。
二、确定设立的法律依据不同
我国民族区域自治制度是在1949年新中国成立前夕北京召开的政治协商会议上制定的《中国人民政治协商会议共同纲领》中正式确定的。而特别行政区制度是在1982年12月，第五届全国人大五次会议通过的《中华人民共和国宪法》第三十一条规定中规定的：国家在必要时得设立特别行政区。在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。所以它们设立的法律依据是不相同的。
三、 设立目的不同
设立民族区域自治制度是为了解决单一制国家结构形式下的民族问题，处理好事民族之间的关系，充分尊重各少数民族自身的特点，实现少数民族人民当家作主，管理本民族内部地方性事务的权利；，而设立特别行政区制度是为了维护国家的统一和领土完整，运用和平方式解决历史遗留问题，保持港、澳、台地区的繁荣与稳定。所以两者设立的目的就完全不同。
四、 社会制度不同。
社会制度不同是民族自治区和特别行政区与的根本区别。民族自治区实行社会主义制度和政策；而香港、澳门特别行政区不实行社会主义制度和政策，保持原有的资本主义制度和生活方式，50年不变。这是值得深究的一个问题。
五、自治层次不同。
我国的政权体系中，省、自治区、直辖市、特别行政区都是最高的一级地方政权。省、自治区下设自治州、县、自治县、市、乡、民族乡、镇。我国的民族自治地方分为自治区、自治州、自治县三级，相应的自治机关有自治区、自治州、自治县的人民代表大会和人民政府三层。它们在各自的权限和范围内，履行职责；而特别行政区只有一级政府、一级政权、特别行政区政府不再下设任何政权单位，本身就是直接联系市民的政权组织。香港特别行政区所保留的区域组织（如市政局），澳门特别行政区所保留的市政机构（如市政厅）都是非政权性的区域组织，它们具有管理香港或澳门地方政治事务的权力。
六、自治程度不同。
特别行政区享有高度自治权是其区别于我国民族区域自治地方的主要标志。高度自治权主要包括：行政管理权 、立法权、独立的司法权和终审权 。而民族自治机关享有“一定的自治权”，主要表现在：（1）民族自治地方的人大有权制定自治条例和单行条例，按法定程序经上级机关批准后生效；对不适应民族自治地方实际情况的国家法律、政策，自治机关可以报经上级国家机关批准变通执行或停止执行在国家计划指导下自主地安排和管理地方性的经济建设事业；（2）经国务院批准享有一定的对外贸易自主权。（3）自主地管理教育、科学、文化、卫生、体育事业。（4）依照国家军事制度和当地的实际需要，经国务院批准，可以组织维护社会治安的公安部队。（5）使用本民族的语言文字。
七、 行使权力的大小不同
省、直辖市行使一定的自主权。民族自治地方依法享有自治权，而特别行政区享有高度自治权。这些权利层层递进，逐步放开，都是由当地具体而特殊的现实情况决定的。
八、中央对它们的干预程度不同及立法、行政、司法权不同
民族自治区和特别行政区在党中央的领导下都有一定的自主权。民族自治区拥有文化、语言文字自主权、财政经济自主权、少数民族干部优先任选权、民族立法权等。
而特别行政区实行特殊的社会制度，即不采用人民代表大会制的政治制度，也不搞社会主义的公有制、按劳分配和计划经济的经济制度。它也不同于经济特区。其高度自治权，无论在权力的内容和行使权力的范围上，都超过省、直辖市、自治区，构成了特别行政区的主要特色。在立法权方面，特别行政区可以按照全国人民代表大会通过的特别行政区基本法制定法律，既不受国家法律和行政法规的限制，也不受刑法、民法范围的限制。在行政权方面，享有其他行政区所没有的财政、经济贸易、货币金融、海运、航空、文化教育和治安等方面的管理权。在司法权方面，享有司法终审权，无须上诉到国家最高法院解决。在涉外事务方面，中央人民政府负责管理与特别行政有关的外交事务，同时又可授权特别行政区依法处理有关的对外事务，统称外事权，如可以作为国家代表团成员参加中央人民政府进行的与特别行政区有关的外交谈判，参加与特别行政区有关的适当领域的国际组织和国际会议。
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1、不同程度的自制力
民族自治地方分为自治区、自治州、自治县三级。这三级政府在各自的职权范围内履行职责；特别行政区只有一级政府，特别行政区政府不再有任何政治权力单位。
2、不同的社会制度
这是两者的根本区别。民族自治地方是社会主义制度，特别行政区原有的资本主义制度保持了50年。
3、成立目的不同
民族区域自治制度是解决国内的民族问题，处理各民族之间的关系。特别行政区制度是为了维护国家的统一和领土完整。
4、中央政府干预和不同的立法、行政和司法权力的不同。
民族自治地方和特别行政区有一定的自治权。民族自治地方有文化、语言、文字的自治权、财政、经济的自治权、少数民族干部的选举权和国家立法权。
特别行政区的高度自治在权力内容和行使权力的范围上超过了省、市、自治区，构成了特别行政区的主要特征。
参考资料来源：百度百科-民族区域自治制度
参考资料来源：百度百科-特别行政区制度
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