根据上述职责，市住房和城乡规划建设局设12个内设机构：
（一）办公室。
组织协调机关政务工作；负责机关起草综合性会议报告、总结；负责会议组织、文电处理、秘书事务、档案管理、保卫、保密、综治信访维稳、网络问政、宣传、调研、督查、财务、人大议案与政协提案办理和机关公务车辆、办公场所管理等工作；负责编制本单位的经费收支计划、财务报表和按权限审批经费开支；指导直属单位的财会和审计工作；指导建设行业的统计、信息工作；负责局机关及直属事业单位国有资产管理；抓好岗位责任制的落实，收集综合各科室人员的考勤情况；负责组织研究规划建设行业改革发展规划。
（二）人事科（与党委办公室、离退休人员服务科合署）。
负责党组（机关党委）的日常工作；负责局机关和指导直属事业单位的党建、纪检、监察、党风廉政建设、人民武装等工作；组织指导党员培训和理论学习、职业道德教育与精神文明建设工作；负责局管干部考核、任免、调配和统筹协调人才培训规划；负责局机关公务员年度考核、劳动工资、机构编制和直属单位人事、劳资和专业技术职务申报、审批工作；负责局干部职工的继续教育和岗位培训；负责制订工作人员年度休假计划；负责行政审批电子监察、行政投诉电子监察实施监督工作；负责工会、共青团、妇女和计划生育等工作；负责离退休人员服务工作。
（三）法规监察科。
负责政务信息公开的收集与上报；组织制订有关住房和城乡规划建设方面的地方规范性文件及解释、清理、汇编工作；负责市住房和城乡规划建设行政执法监督、行政复议和行政诉讼工作；负责住房和城乡规划建设法规宣传工作；负责行政执法考察、上岗发证报审工作；协助对住房和城乡规划建设管理人员的法律、法规知识培训工作；协调处理城乡规划建设行政执法相关工作。
（四）住房与房地产科。
负责拟订住房保障地方规范性文件、编制住房保障发展规划和年度计划并监督执行；负责组织编制经济适用房、廉租房的建设计划，拟订市区经济适用房、廉租房建设方案；负责市区居民及住房困难群体的调查工作；指导城镇住房制度改革和住房发展工作；指导房地产开发利用工作，规范房地产市场，促进房地产业的健康有序发展；负责核发或呈报《房地产开发企业资质证书》。
（五）城市规划科。
负责和指导拟订城市发展战略、长远规划和年度计划；组织编制、审查和呈报市域城镇体系规划、城市总体规划、分区规划、专项规划、市区近期建设规划、控制性详细规划和城市设计；负责市区控制性详细规划成果的上报备案管理工作；负责大中型建设项目修建性规划审查批准工作；负责城市规划设计单位资质和城市测绘管理；参与市区重点建设项目选址和布局的规划管理工作；负责珠三角城乡规划一体化及深莞惠规划对接工作；负责各类规划成果和相关资料的移交归档。
（六）规划用地科。
负责市区的建设项目选址的规划管理，核发《建设项目选址意见书》；负责建设用地规划审查、报批，核发《建设用地规划许可证》；负责组织编制《建设用地规划设计条件告知书》；负责建设用地许可后的跟踪管理和用地资料的归档工作；参与各类城市规划的审查工作。
（七）市政规划科。
负责组织编制市政交通工程及市政管线工程《规划设计条件告知书》和规划设计方案的审查，核发市政交通工程及市政管线工程《建设工程规划许可证》；负责建设项目管线综合规划的审查；负责市政交通工程及市政管线工程的规划验收，核发《建设工程规划验收合格证》；负责市政交通工程及市政管线工程的规划协调；负责组织地下管线及道路的竣工测量工作；负责规划许可后的跟踪管理和竣工资料的归档、录入办公系统工作；参与各类城市规划的审查工作。
（八）城市建设科。
负责制订城市建设和市政公用事业发展战略和发展规划；指导市政设施、公用事业、城市市容、园林绿化、城市燃气、环境卫生的行业管理；负责编制城建资金和城建项目年度计划；指导风景名胜区的规划建设管理工作；负责统计填报城市建设有关报表；负责组织户外广告设施设置场地的使用权招标；指导全市范围内的市政公用行业实施特许经营制度及市政设施、园林绿化、环境卫生等非经营性设施日常养护作业的市场化工作；核发和呈报《城市园林绿化企业资质证书》；负责全市燃气行业管理并组织编制燃气事业发展的中、长期规划；负责燃气工程设计、施工和安装队伍的资格审查和管理；负责瓶装燃气供应站的审查并核发《燃气经营许可证》；协助燃气从业人员的技术培训工作。
（九）村镇规划建设科。
指导城镇规划及村庄建设规划的编制、实施工作；指导村庄建设和农村住房建设；指导乡镇和村庄人居生态环境的改善工作；组织制订乡镇、村庄规划编制计划；负责制订村庄规划技术标准；负责审查、呈批县域城镇体系规划、县城和中心镇的总体规划；负责县城控制性详细规划的备案管理工作；负责组织、指导乡镇、村庄规划建设方面的培训和宣传工作；负责县、乡镇、村庄规划建设有关报表的统计填报工作；会同文物行政部门，负责历史文化名镇（村）保护的监督管理工作。
（十）建筑市场管理科（市建设工程招标投标办公室、市建设工程管理办公室）。
负责建筑业企业、监理单位资质管理和核准工作；负责市辖房屋建筑工程施工许可及工程竣工验收备案管理工作，核发《建筑工程施工许可证》；办理房屋建筑工程竣工验收备案手续；负责建筑市场管理、工程招标投标、工程质量、安全生产、施工现场管理工作；参与工程重大质量、安全事故的调查处理；拟订建筑施工、监理和相关社会中介组织管理的规定并监督实施；审核相关建设工程的造价和工程标底备案工作；负责建筑业企业生产统计报表汇总工作；协助施工专业人员的培训教育、管理工作。
（十一）科技教育科。
负责勘察设计咨询单位资质管理工作；负责建筑工程项目勘察设计质量的检查监督和建筑工程项目施工图文件审查工作的管理；负责建筑工程项目的初步设计审查；参与建筑工程项目重大事故的调查与处理；组织大中型建筑工程项目初步设计审查；指导发展散装水泥、建筑节能与墙体材料革新工作；负责城乡规划建设行业从业人员的继续教育和岗位培训；指导行业注册执业资格管理工作；协助组织行业内专业技术资格评定工作；负责对外经济技术交流合作。
（十二）工程项目管理科。
负责组织编制相关工程项目的实施计划，制订建设进度并组织实施；负责组织城建项目设计方案招标，组织城建项目设计方案审查；负责组织协调建筑项目设计方案招标工作；协助相关部门实施重点项目建设工作。 直属规划分局
水口片办事处
小金口片办事处 市建设工程造价管理站
市建设工程质量监督站
市建设工程交易中心
规划设计研究院
规划勘测研究院
城建档案馆
城市地理信息中心
城市规划编制研究中心
房地产业协会
勘察设计协会
市散装水泥管理办公室
城市生活污水处理装置推广站
市施工安全监督总站
